在所有免费开源的分子对接软件中,auto dock 是非常经典的,其升级版,auto dock vina 表现更好。通常情况下,我们需要分别下载Auto dock vina 和auto dock tools ,然后是使用tools 来准备蛋白质和小分子(多肽),比如删除水分子,添加电荷,定义对接盒子的位置和大小等,然后使用Auto dock vina 来运算,得到结果。 我将介...
下载AutoDock Tools 安装包 安装AutoDock Tools 五、分子对接模拟的操作步骤 5.1 创建配体 pdbqt 文件 5.2 创建受体(柔性和刚性)pdbqt 文件 5.3 创建 Grid box 5.4 创建 Input 文件 5.5 运行 AutoDock Vina Bug 一、 导读 蛋白质与配体的相互作用研究,一直是药物设计和生物化学研究的热点。而分子对接模拟作为一种...
AutoDockTools 是为了能让用户更方便地使用 AutoDock 而开发的带图形用户界面的配套软件。使用AutoDockTools,可以免去输入 Linux 命令的麻烦,快速上手操作 AutoDock。 Step 1. 应用中心搜索AutoDockTools; Step 2. 点击提交作业,选择图形界面提交; Step 3. 启动AutoDockTools,选择硬件配置并启动; Step 4. 通过VNC...
AutoDock Vina的应用领域 AutoDock Vina在多个领域展现出了广泛的应用价值。在药物研发领域,Vina能够帮助科研人员快速筛选出与靶标蛋白具有良好结合效果的候选药物分子,从而加速药物研发进程。在蛋白质功能研究方面,Vina可用于解析蛋白质与配体之间的相互作用机制,为深入理解蛋白质功能提供有力支...
本视频简要介绍了如何安装AutoDock Vina。AutoDock Vina官网:https://vina.scripps.edu/AutoDock Vina百度网盘下载链接:https://pan.baidu.com/s/1o2KIoE3slTfYJgkUuU67XA?pwd=4mzw 提取码: 4mzw, 视频播放量 2532、弹幕量 1、点赞数 35、投硬币枚数 17、收藏人数 56、转
下载AutodockTools 安装下vina提升版本(选看) 二、分子对接流程 受体预处理 配体预处理 设置对接盒子 进行对接 对接结果分析 一、Autodock vina安装与配置 首先,简单提下Autodock vina 和 Autodock4的区别,可以这么理解,Autodock vina 是Autodock4的提升改进版本,vina拥有更好的计算方法和优化函数,分子对接速度和精...
在进行Autodock Vina分析前,我们需要对蛋白分子的格式进行转化,需要将.pdb格式转化为.pdbqt。这里通过Autodock tools软件进行转化。 1. 载入蛋白文件 载入蛋白文件 2. 加氢处理 image.png 点击ok 3. 计算电荷 计算电荷 点击确定 4. 保存处理后的蛋白pdb文件 ...
一键安装Autodock4.2.6+报错修复分子对接mgltools1.5.7安装教程vina下载, 视频播放量 857、弹幕量 0、点赞数 7、投硬币枚数 5、收藏人数 8、转发人数 0, 视频作者 win妹, 作者简介 ,相关视频:Autodock4.2.6分子对接mgltools1.5.6一键安装教程vina启动弹出红,一键安装Auto
下面我们将分别介绍AutoDock和AutoDock-vina等对接工具的安装教程,包括在不同操作系统上的安装步骤。一、AutoDock的安装 下载安装包根据所使用的操作系统,从官网下载对应的安装包。对于Linux系统,可以选择下载预编译的二进制包;对于Windows系统,需要先安装MinGW和MSYS,然后再下载预编译的Windows安装包;对于Mac OS系统,...
Autodock vina使用方法 需要软件为autodocktool、vina、pymol 需要文件为蛋白质文件:.pdb小分子配体文件:.mol2 1、打开autodocktools软件 File > Read Molecule > *.pdb Edit > Charges > Add Kollman Charges >确定 Edit > Hydrogens > Add Hydrogens > Polar Only > OK WithBondOrder...