在所有免费开源的分子对接软件中,auto dock 是非常经典的,其升级版,auto dock vina 表现更好。通常情况下,我们需要分别下载Auto dock vina 和auto dock tools ,然后是使用tools 来准备蛋白质和小分子(多肽),比如删除水分子,添加电荷,定义对接盒子的位置和大小等,然后使用Auto dock vina 来运算,得到结果。 我将介...
首先,简单提下Autodock vina 和 Autodock4的区别,可以这么理解,Autodock vina 是Autodock4的提升改进版本,vina拥有更好的计算方法和优化函数,分子对接速度和精确度会更高一些,如果是想要用分子对接进行一些实验验证,本文建议可以直接学习vina的软件操作,以下为vina的安装和环境配置流程。 下载vina安装包 官网下载安装包...
使用AutoDockTools为AutoDock Vina分子对接准备蛋白质分子文件, 视频播放量 2077、弹幕量 0、点赞数 10、投硬币枚数 0、收藏人数 29、转发人数 6, 视频作者 盐城盐粒子, 作者简介 化学、物理、钢笔、硬笔、书法、摄影。,相关视频:使用autodock Vina 进行分子对接,使用Aut
这个视频主要介绍了Autodock Vina 对接结果分析,以及怎么生成复合物的PDB文件。用到的软件有Autodock Tools, Pymol, UCSF Chimera, vina_split。, 视频播放量 40170、弹幕量 22、点赞数 584、投硬币枚数 448、收藏人数 1153、转发人数 224, 视频作者 钰沐菡-YuMuhan, 作者
安装AutoDock Tools 五、分子对接模拟的操作步骤 5.1 创建配体 pdbqt 文件 5.2 创建受体(柔性和刚性)pdbqt 文件 5.3 创建 Grid box 5.4 创建 Input 文件 5.5 运行 AutoDock Vina Bug 一、 导读 蛋白质与配体的相互作用研究,一直是药物设计和生物化学研究的热点。而分子对接模拟作为一种强大的工具,能够预测小分子...
AutoDock-Vina 是用于分子对接和虚拟筛选的开源程序,由Scripps研究所分子图形实验室的Oleg Trott博士设计和实现,是目前使用最为广泛的分子对接软件之一。
AutoDock Vina是继Autodock4后，由斯克里普斯研究所设计制作的新一代分子对接软件。不需要对配体和受体选择原子类型和预计算网格图，AutoDock Vina被认为在结合模型预测的平均准确性上相对于它的前辈AutoDock 4.1有明显提高，速度上比AutoDock 4.1快大概两个数量级。3.AutoDockTools AutoDockTools简称ADT，ADT就是一...
vina--config conf.txt,大概需要几分钟时间。 2. 输出结果包含两个文件,构象文件dockingResult.pdbqt和日志文件docking.log。 dockingResult.pdbqt: 包含所有docking的模式,通常第一个为结合最好的构象,但如果前几个能量值相差不大时也有例外。 docking.log: 日志文件,包含结合能量值(第一列,越低越稳定,默认由低到...
下面我们将分别介绍AutoDock和AutoDock-vina等对接工具的安装教程,包括在不同操作系统上的安装步骤。一、AutoDock的安装 下载安装包根据所使用的操作系统,从官网下载对应的安装包。对于Linux系统,可以选择下载预编译的二进制包;对于Windows系统,需要先安装MinGW和MSYS,然后再下载预编译的Windows安装包;对于Mac OS系统,...