1分子对接教程 今天利刃君就为大家带来使用AutoDock Vina进行分子对接的教程。本次教程以STAT3靶点的晶体结构与其原配体为例进行分子对接的详细步骤说明。 准备工作 蛋白晶体结构由PDB数据库(rcsb.org/)下载,PDB编号为6NJS。首先需要通过其他软件如Pymol、Glide、DS等去除蛋白中的水分子,删除多余的链,并把原配体分子...
⑤进行分子对接:点击Run>Run AutoDock,在弹出的窗口中点击Browse,在弹出来的页面里再一次选择protein_ligand.dpf,点击打开,这样就自动生成了protein_ligand.dlg文件,Nice Level设置为20,然后点击Launch运行。6.查看对接结果点击Edit>Delete>Delete All Molecules>CONTINUE删除配体分子。点击...
AutoDock分子对接 及结果 1、软件下载与安装AutoDock下载安装 进入AutoDock官网下载安装http://autodock.scripps.edu/downloads...分别拆出来,生成75N.pdb、75L.pdb、75M.pdb、75J.pdb文件,由于蛋白质是由对称的两条链chain A和chain B组成,因此分子对接的时候选用其中一条链即可,用 ...
首先，确保已安装ADT/AutoDockTools和AutoDock Vina。在Linux系统中，从指定链接下载AutoDock v4.2.6，解压后进入目录并用终端进行安装。下载AutoDock Vina的“autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz”并解压。MGLTools可通过下载安装器获取，安装AutoDock plugin需在PyMOL中进行，通过“Plugin Manager”...
用AutoDock进行分子对接教程 一路跟到现在,这里运行不了,大佬求解
首先，从官网下载"AutoDock v4.2.6"和"autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz"，然后在终端解压。接着，下载并安装MGLTools，最后在PyMOL中安装Autodock plugin。以CDK2（1E1X）的晶体结构为例，导入PyMOL，通过插件进行设置，如对接盒子的定义、受体和配体的准备，以及对接参数的配置。执行对接计算...
对于新手，最简便的入门路径是通过MGTtools组件访问autodock vina的可视化功能，同时下载相应的软件包。整个流程包括：首先，设置工作路径，以确保文件的顺利查找；接下来，处理蛋白质和配体。蛋白质通常以pdb格式获取，可通过AlphaFold2预测或数据库如PDB和CCDC获取，然后进行去水、加氢、计算电荷和原子类型设置...
对于使用AutoDock进行半柔性对接，以蛋白6PL1的晶体结构作为受体，晶体结构由PDB网站下载，以其原配体OOJ为分子对接的配体，具体操作如下：1. 设置工作目录及工作环境：新建一个文件夹作为工作目录，确保路径为英文，将软件包及下载文件拷贝到此文件夹。2. 准备受体：使用pymol、VMD、Schrodinger、DS等软件...
Research Institute\AutoDock\4.2.6\下有两个文件autogrid4.exe和autodock4.exe,为需要用到的程序。 2、安装MGLTools-1.5.6http...重新替换保存,才可正常运行。 1、安装AutoDock4.2.6官网免费下载(http://autodock.scripps.edu/),文件名 AutoDock分子对接 ...
分子对接教程 今天利刃君就为大家带来使用AutoDock Vina进行分子对接的教程。本次教程以STAT3靶点的晶体结构与其原配体为例进行分子对接的详细步骤说明。 准备工作 蛋白晶体结构由PDB数据库(http://www./)下载,PDB编号为6NJS。首先需要通过其他软件如Pymol、Glide、DS等去除蛋白中的水分子,删除多余的链,并把原配体分...