图2. ATAC-seq的数据分析和差异peak鉴定 3. 鉴定差异靶基因 研究分析Li2突变体和WT的8DPA纤维RNA-seq数据,以确定开放染色质区域变化对基因表达的影响。差异表达基因(DEG)分析显示,Li2突变体相较于WT有5077个上调和4905个下调基因(图3A)。随后,研究将ATAC-seq鉴定的差异基因和RNA-seq鉴定的DEG进行关联分析。在L...
SHARE-Seq用于大规模联合分析染色质可及性和基因表达 为了创建染色质可及性和mRNA表达共谱分析方法,作者基于SPLiT-seq和Paired-seq方法开发了SHARE-seq,使用多轮杂交封闭来唯一且同时标记同一单个细胞中的mRNA和染色质片段(图1A)。 简而言之,在SHARE-seq...
首先,RNA测序(RNA-seq)分析为Muse细胞的基因表达提供了详细的信息。通过对Muse细胞在不同应激条件下的转录组进行深度测序,我们可以获取到其基因表达的全貌,从而解析出在应激环境下,哪些基因被激活或抑制,哪些信号通路被激活或抑制,以及这些变化如何影响Muse细胞的生物学特性。此外,通过比较不同应激条件下的转录组数据,...
1.2.5 RNA-seq和ATAC-seq数据的关联分析 分别将DLD1和SW480两个细胞系中RNA-seq的差异基因和ATAC-seq的差异表达峰进行关联分析,得到两组关联分析结果,以明确两组细胞中染色质易接近性变化区域对下游基因的调控功能,并找出每种细胞实验组与对照组相比差异染色质易接近性区域可能调控的下游基因。 1.2.6 两个细胞系...