通过创建一个 bigWig 文件,我们可以大大加快在基因组浏览器中查看 ATACseq 信号堆积的速度。此时可以对总映射读取进行额外的标准化。 代码语言:text 复制 openRegionRPMBigWig <- gsub("\\.bam", "_openRegionRPM\\.bw", sortedBAM) myCoverage <- coverage(atacFragments, weight = (10^6/length(atacFragme...
并删除最右边的字符,赋值给列表Ametadata[A[7]] = {'id': A[0], \'gsm': A[1], \'species': A[2], \'cell_line': A[3], \'cell_type': A[4], \'tissue': A[5], \'factor': A[6], \'file_name': A[7] }#对于字典metadata中的键A[7...
现在我们已经处理了 Greenleaf ATACseq 双端数据,我们可以开始处理比对。 首先,我们将确定 ATACseq 数据的预期片段长度分布。我们使用 GenomicAlignments 包读取新对齐的数据。 这里我们只想要正确配对的读取,因此我们将使用 ScanBamParam() 和 scanBamFlag() 函数来控制将读入 R 的内容。 我们将 scanBamFlag() 函数...
##fastq-dump fastq-dump sra/SRR2927015.sra --gzip :输出文件以gz格式压缩 --split-3 :输入文件为双端测序文件 -A :输出文件名 -O :输出目录 $ cat config.sra 2-ceLL-1 SRR2927015 2-ce11-2 SRR2927016 2-ce11-5 SRR3545580 2-ce11-4 SRR2927018 ##循环处理 cat config.sra | while read i...
ATAC-seq或者ChIP-seq等表观测序数据,需要比对到参考基因组并且找其峰值(peaks)并且进行基因功能元件注释或者motif注释,我们仅仅是收取一个计算机资源的费用,800-1600元人民币(根据样品数量不同收费不一样)即可,并且提供全套代码。不管是公共数据集还是你自己的实验测序数据,一样的费用!我们会代替你跑如下所示的流程:...
RNAseq下游分析在R里面比较简单,上下游结合的教程整理; TCGA 数据库挖掘,推荐在cellpress上的泛癌研究文献:https://www.cell.com/pb-assets/consortium/pancanceratlas/pancani3/index.html GEO-master的airwayRNA ChIPpeakAnno, atacseq proj分析报告
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单细胞ATAC-seq技术可以在单细胞水平上捕获顺式调控元件的活跃程度,但此类数据的稀疏性和高噪音对数据分析带来了巨大的挑战。现有的分析方法主要通过合并相似的顺式调控元件或者合并相似的细胞来解决数据稀疏性问题,进而提高信噪比获得更可靠的结果。但是,这些方法会相应地降低对顺式转录元件间或者细胞间的差异进行检测的...
ATAC-seq数据处理分析软件是由南京诺禾致源生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2018SR921052,属于分类,想要查询更多关于ATAC-seq数据处理分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
ATAC-seq和RNA-seq数据的批量处理分析软件是由中国农业科学院农业基因组研究所著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR1538361,属于分类,想要查询更多关于ATAC-seq和RNA-seq数据的批量处理分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!