该研究通过在单侧肾切除的小鼠模型中使用多组学方法(蛋白质组学、RNA-seq 和ATAC-seq等)识别肾近端小管中与代偿性肥大相关的信号传导过程,证明脂质激活转录因子PPARα 是近端小管代偿性肥大的重要决定因素,对肾脏代偿性肥大的机制有了更好的
此外,对于那些在RNA或ATAC检测中计数特别低或特别高的细胞,我们也会进行剔除。 DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- NucleosomeSignal(pbmc) pbmc <- TSSEnrichment(pbmc) 对象数据中变量之间的相互关系可以通过 DensityScatter() 函数来直观展示。此外,设置 quantiles=TRUE 选项,可以帮助我们迅速确定不同质量...
ATAC-seq技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,该区域可以与其对应的motif(转录因子)相结合,从而调控下游基因的表达。所以ATAC-seq与 RNA-seq 联合研究,可以进一步研究潜在的转录调控...
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细胞...
CellRanger ARC 是10x Genomics 专为单细胞多组学数据分析设计,同时分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据的一组分析pipline 。 主要包含以下几个方面: 数据预处理 将原始的测序数据转换为可分析的数据格式。 包括对FASTQ文件的读取、质量控制、去重复和对齐等步骤。 细胞检测和定量 自动检...
ATAC-seq+RNA-seq联合分析,可以获得ATAC检测到的染色质高度可及性区域与对应转录本表达的相关性,以及对应转录本相关基因的上游调控序列,构建TF结合后的基因表达调控机制,从而整体分析该特定时空下从DNA到RNA的调控网络,并且相互验证,进一步结合基因功能分析、实验表型进行讨论,清晰展现从表观调控—基因表达—基因功能—表...
这篇文章主要是利用染色质可接近信息性来解析恶性疟原虫在红内期基因调控网络的特征 ,选这篇文章的原因是因为其用到了ATAC-seq和RNA-seq联合分析,其中也结合了部分Chip-seq的信息,比较全面。另外,其主要研究物种恶性疟原虫的基因组较小(23Mb左右),适合使用小服务器或者自己的电脑分析。
设计主要技术:ATAC-seq、Hi-C、RNA-seq 1.由于转基因内Six3启动子和Six2远端增强子之间的异常相互作用,Six2TGC+/tg NPCs表现出异位Six3表达 低肾单位数的Six2TGC转基因小鼠引起了作者对在表达Six2的NPCs中观察到的Six3表达的关注(图1A-B)。尽管作者不能用市面上售卖的抗体通过免疫荧光检测SIX3,但TRAP-seq...
整合ATAC-seq结果与其他的表观遗传标记,GC基因作为α细胞的特征近,ATAC-seq峰既存在于内含子内,也在GC启动子上游28kb处。表明该区域可能具有α细胞特异性增强子的功能。CHODL是β细胞类型的特征基因。 由于许多带有α细胞和β细胞ATAC-seq峰所在的基因没有差异表达,作者试图确定细胞类型特异性峰区是否富集于特定的转...
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑