ATAC-seq利用过度活跃的Tn5转座酶来探测DNA的可及性,并将测序adapters插入到染色质的可及性区域。测序reads可用于推断可及性增加的区域,以及绘制转录因子结合区域和核小体位置。该方法相对于DNase-Seq和MNase具有快速和高敏感度的特点。 在ATAC-seq 实验中,Tn5 结合并切割染色质连接接头。对片段进行测序以识别开放染...
ATAC-seq生信分析方法综述:【文章原文】【中文解读1】【中文解读2】 ATAC-seq基础原理一文了解:【一文了解ATAC-seq】一、基础知识1. 解密表观遗传学的三个方向与测序方法1. 探索染色质的开放性(chromatin accessibility) ATAC-seq: Assay of Transposase Accessible Chromatin sequencing DNase-seq: DNase I hypersensi...
MACS2能够检测DNA片断的富集区域,是ATAC-seq数据call peak的主流软件。峰检出的原理如下:首先将所有的reads都向3'方向延伸插入片段长度,然后将基因组进行滑窗,计算该窗口的dynamic λ,λ的计算公式为:λlocal = λBG(λBG是指背景区域上的reads数目),然后利用泊松分布模型的公式计算该窗口的显著性P值,最后对每一...
为了研究染色质的开放性,目前有MNase-seq,Dnase-seq,ATAC-seq等,但是目前最常用的是2013年由斯坦福大学开发的ATAC-seq。与传统的MNase-seq以及DNase-seq相比,其具有可重复性强,实验步骤简单,需要的实验样本量少等优点,因而被广泛应用1。 Fig 2: Methods of Researching Chromatin Accessibility a nd ATAC-seq princ...
1. ATAC-seq in frozen human cancer samples is highly robust 分析了23种原发性人类癌症的染色质可及性图景,TCGA的404个捐赠者提供了410个肿瘤样本。 通过这组高质量的 410 个肿瘤样本确定了 562709 个可重复染色质可及性的泛癌峰值。 2. Cancer chromatin accessibility extends the dictionary of DNA regulat...
明码标价之ATAC-seq 最近有粉丝在我们《生信技能树》公众号后台吐槽说某公司,给他们测了ATAC-seq,只拿到差异peak,想要不差异的peak居然被告之是额外分析项目,要加钱。各种巧立名目的费用让他害怕,还不如直接找公司要来fastq测序数据,找我们从头开始分析。
对ATAC-seq数据来说,大部分教程都推荐去除PCR重复,所以我们加上这个步骤: conda activate rna for i in `ls *.raw.bam` do i=${i/.raw.bam/} echo " samtools index ${i}.raw.bam | bedtools bamtobed -i ${i}.raw.bam > ${i}.raw.bed|samtools flagstat ${i}.raw.bam > ${i}.raw.st...
最后证明利用BGR1抑制剂PFI-3能有效治疗PCa小鼠。其亮点在于在细胞和动物实验中同时验证了PTEN-BRG1的合成致死机制,利用RNA-seq、ChIP-seq及ATAC-seq的联合分析解析了染色重构ATP酶-BRG1的下游调控通路,绝对是一篇值得借鉴的表观调控研究的经典文献。
学习交流chenxh412, 视频播放量 5、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 几棵艰苦艰苦, 作者简介 ,相关视频:两个月包教包会学单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq、R语言医学会员免费学,医学科研临床放射住培特训班--头颈部解剖和病变
ATAC-seq,中文名是“利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术”,现在是我在国内实验室最常用的研究手段,可以用非常少的细胞检测出细胞内染色质开放区域,并结合其他ChIP-seq结果注释其中的活性增强子区域。但是,在几年前,我美国的那个学校里,我是第一个做ATAC-seq的人。我购置了所有建库的试剂,在摸索了细胞...