ATAC-seq利用过度活跃的Tn5转座酶来探测DNA的可及性,并将测序adapters插入到染色质的可及性区域。测序reads可用于推断可及性增加的区域,以及绘制转录因子结合区域和核小体位置。该方法相对于DNase-Seq和MNase具有快速和高敏感度的特点。 在ATAC-seq 实验中,Tn5 结合并切割染色质连接接头。对片段进行测序以识别开放染...
ATAC-seq生信分析方法综述:【文章原文】【中文解读1】【中文解读2】 ATAC-seq基础原理一文了解:【一文了解ATAC-seq】一、基础知识1. 解密表观遗传学的三个方向与测序方法1. 探索染色质的开放性(chromatin accessibility) ATAC-seq: Assay of Transposase Accessible Chromatin sequencing DNase-seq: DNase I hypersensi...
MACS2能够检测DNA片断的富集区域,是ATAC-seq数据call peak的主流软件。峰检出的原理如下:首先将所有的reads都向3'方向延伸插入片段长度,然后将基因组进行滑窗,计算该窗口的dynamic λ,λ的计算公式为:λlocal = λBG(λBG是指背景区域上的reads数目),然后利用泊松分布模型的公式计算该窗口的显著性P值,最后对每一...
ChIP 测序,也称为 ChIP-seq,是一种对特定组蛋白修饰、DNA 修饰或 TF 的位置进行检测的全基因组分析技术。ChIP-seq 将染色质免疫沉淀 (ChIP) 与大规模并行的 DNA 测序相结合,以鉴定 DNA 相关蛋白的结合位点。如下图所示,蓝色的线表示DNA,ChIP-seq即使用针对特定DNA结合蛋白或组蛋白修饰的抗体来鉴定基因组中的...
ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分:数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析,下面将对各部分内容进行展开讲解。 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads,得到clean reads用于后续分析。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比较新的软件,使用时可以用--adapter_se...
2013年Buenrostro J.D.等[1]发表ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing)技术,由于起始细胞数要求低(大约50,000个细胞)、操作简单和实验周期短等优势而得到广泛应用。但是,ATAC-seq的生信分析流程和软件却还没有统一标准。
获得下机数据后,就可以开始做上下游的生信分析。因为我自己没跑过这个流程,所以这里以菲沙基因提供的流程为例,着重介绍ATAC-seq流程中产生的图如何解读,以及我们可以做哪些下游分析。 下机数据预处理 拿到下机数据后首先去接头(adapter trimming),然后比对到参考基因组(alignment),对比对后得到的bam文件进行过滤,具体...
针对以上热门科研问题,我们非常荣幸地邀请到了中山大学的丁俊军教授、诺禾致源的高级产品经理丁晓敏以及近岸蛋白产品应用技术专家马胜,分别围绕染色质调控机制、ATAC-seq生信数据分析和应用案例解析以及实验技术和操作细节等主题,分享最新的研究进...
CRISPRi细胞系 实验组/处理组的 ATAC-Seq 的测序。 基础生信报告 基与于 Pathcards 的基因注释与文献信息三级联转录调控预测。 本司不提供不确保: 基础生信报告达到SCI 20分以上Fig要求。 三级联转录调控轴心Axis预测,直接可写入SCI 5分以上论文结果。
最近有粉丝在我们《生信技能树》公众号后台吐槽说某公司给他们测了ATAC-seq,只拿到差异peak,想要不差异的peak居然被告之是额外分析项目,要加钱。各种巧立名目的费用让他害怕,还不如直接找公司要来fastq测序数据,找我们从头开始分析。 一条龙服务,一个ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600。同样的我把这个《ATAC-seq...