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第七步,deeptools的可视化 具体见:https://mp.weixin.qq.com/s/a4qAcKE1DoukpLVV_ybobA在ChiP-seq 讲解。 首先把bam文件转为bw文件,详情:http://www.bio-info-trainee.com/1815.html cd ~/project/atac/deeptools_result #source activate atac # 由于原本电脑存在deeptools所以就没必要激活了 #ls *.bam ...
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教程:b站生信技能树yyds 数据是师妹测完发回来的fq.gz - DF师兄说了要我建立一个一个文件夹层级储存数据的好习惯 ATAC-seq是双端测序,我现在很大的问题是不会用循环得学,学会写脚本,不能每次都手打代码 第一步:明确样本,构建config.raw(不会写循环此步跳过) ...
参考:生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy,纯属个人笔记。 ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离...
一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客。 解释任何单细胞测序数据的起点都是对给定数据集中的细胞簇进行注释。由于缺乏专门设计的工具以及在单细胞ATAC-seq数据中使用不直观的顺式和跨式调控元素(unintuitive cis- and trans-regulatory ),因此单细胞ATAC-seq数据中的...
学习交流chenxh412, 视频播放量 5、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 几棵艰苦艰苦, 作者简介 ,相关视频:两个月包教包会学单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq、R语言医学会员免费学,医学科研临床放射住培特训班--头颈部解剖和病变
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