ATAC-seq基础原理一文了解:【一文了解ATAC-seq】一、基础知识1. 解密表观遗传学的三个方向与测序方法1. 探索染色质的开放性(chromatin accessibility) ATAC-seq: Assay of Transposase Accessible Chromatin sequencing DNase-seq: DNase I hypersensitive sites sequencing FAIRE-seq: Formaldehyde-Assisted Isolation of ...
在这里,我们讨论ATAC-seq数据分析的主要步骤,包括预分析(质量检查和比对),核心分析(peak calling)和高级分析(peak差异分析和注释,motif富集,footprint分析,以及核小体定位分析)。我们还回顾了利用多组学数据重建转录调控网络的过程,并重点指出了每个步骤当前面临的挑战。最后,我们描述了单细胞ATAC-seq的潜力,并强调了开...