ATAC-seq生信分析方法综述:【文章原文】【中文解读1】【中文解读2】 ATAC-seq基础原理一文了解:【一文了解ATAC-seq】一、基础知识1. 解密表观遗传学的三个方向与测序方法1. 探索染色质的开放性(chromatin accessibility) ATAC-seq: Assay of Transposase Accessible Chromatin sequencing DNase-seq: DNase I hypersensi...
差异peak代表着比较组合染色质开放性有差异的位点,ChIP-seq和ATAC-seq都可以用DiffBind进行差异分析。DiffBind通过可以通过bam文件和peak的bed文件计算出peak区域标准化的readcount,可以选择edgeR、DESeq2等模型进行差异分析。 七、峰注释 在科研分析中我们往往需要将peak区域与基因联系起来,也就是通过对peak进行注释找到pe...
ATAC-seq利用过度活跃的Tn5转座酶来探测DNA的可及性,并将测序adapters插入到染色质的可及性区域。测序reads可用于推断可及性增加的区域,以及绘制转录因子结合区域和核小体位置。该方法相对于DNase-Seq和MNase具有快速和高敏感度的特点。 在ATAC-seq 实验中,Tn5 结合并切割染色质连接接头。对片段进行测序以识别开放染...
但是,ATAC-seq的生信分析流程和软件却还没有统一标准。 很多ChIP-seq分析软件被用于ATAC-seq分析,但是这些软件在ATAC-seq分析过程中是否完全适用还存在疑问,我们就来看一下澳大利亚莫纳什大学的Yan F.等人于2020年2月在Genome Biology上发表的综述《From reads to insig...
获得下机数据后,就可以开始做上下游的生信分析。因为我自己没跑过这个流程,所以这里以菲沙基因提供的流程为例,着重介绍ATAC-seq流程中产生的图如何解读,以及我们可以做哪些下游分析。 下机数据预处理 拿到下机数据后首先去接头(adapter trimming),然后比对到参考基因组(alignment),对比对后得到的bam文件进行过滤,具体...
ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分:数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析,下面将对各部分内容进行展开讲解。 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads,得到clean reads用于后续分析。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比较新的软件,使用时可以用--adapter_se...
最近有粉丝在我们《生信技能树》公众号后台吐槽说某公司,给他们测了ATAC-seq,只拿到差异peak,想要不差异的peak居然被告之是额外分析项目,要加钱。各种巧立名目的费用让他害怕,还不如直接找公司要来fastq测序数据,找我们从头开始分析。 一条龙服务,一个ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600。同样的我把这个《ATAC-seq...
ATAC-seq生信分析的数据表明,与VC-Peak相关的注释基因在WT SCs、TL VCs中较少而WT VCs中较多。与此相对,与MG-Peak相关的注释基因在WT SCs、TL VCs中较多而WT VCs中较少。同时也发现,与MG-Peak相关的注释基因被H3K27me3广泛地抑...
基础生信报告达到SCI 20分以上Fig要求。 三级联转录调控轴心Axis预测,直接可写入SCI 5分以上论文结果。 模块4:附加功能组学分析: 本司提供: ChIP qPCR确定转录因子结合启动子精细位点。 RNA Seq分析转录调控情况。 高端生物信息分析与数据挖掘。 高维数据可视化制作Fig。
作者通过转录因子的chip-seq数据,分析了在ATAC数据中各个转录因子与核小体不同距离内序列的分布情况,从上到下按照距离分为四类,最上面的距离核小体最远。 至于转录因子结合位置,我们知道chip-seq富集的是转录因子结合的区域。 以CTCF为例,chip-seq的峰就是CTCF的结合区域,中部位置为CTCF的motif,但是我们发现在moti...