ATAC-seq技术在植物科学研究领域的应用日益广泛,为理解植物基因组的三维结构、染色质的开放性以及基因表达的调控机制提供了强有力的工具。通过上述文献集锦,我们可以看到ATAC-seq在不同植物物种中的应用涵盖了从模式植物到农作物,从园艺植物到药用植物的多个方面。这些研究不仅揭示了植物在不同生物学过程和环境条件下染色...
ATAC-seq广泛用于染色质开放性研究,该技术利用Tn5转座酶可以接近核小体疏松区域切割暴露的DNA,获得开放染色质区段(open chromatin),然后结合高通量测序和生物信息学分析来挖掘潜在的活跃转录因子及其靶基因,以此探究生物学相关问题。 · 技术优势: 1. 新鲜组织/细胞文库极速交付,最快可当天交付待测序文库; 2. 针对于...
往期推文我们给大家介绍了《植物ATAC-seq文献集锦(一)——基因组篇》,本期我们聚焦ATAC-seq技术在植物生长发育方向的应用案例。 案例一:Systematic identification of wheat spike developmental regulators by integated multi-omics, transcriptional network, GWAS, and genetic analyes 中文标题:利用多组学、转录网络...
通过大规模的基因组和分子分析,TCGA揭示了基因组畸变、转录网络和肿瘤亚型的多样性等。由于染色质可及性是活性DNA调控元件的标志,ATAC-seq使得评估人类原发性癌症的基因调控成为可能。 03 实验结果 1. ATAC-seq in frozen human cancer samples is highly robust 分析了23种原发性人类癌症的染色质可及性图景,TCGA...
无障碍 关怀版 登录 加载中... 00:00/00:00 评论 还没有人评论过,快来抢首评 发布 易基因:ATAC-seq 技术文献分享 深圳易基因科技 发布于:广东省 2024.10.23 11:52 +1 首赞 收藏 ATAC-seq 技术文献分享 推荐视频 已经到底了 热门视频 已经到底了 ...
近年来，ATAC-seq技术在植物研究中的应用得到了广泛的关注和应用，研究者们使用该技术分析了不同植物物种的基因组结构和功能。以下几篇文献分别展示了ATAC-seq技术在植物研究中的应用和发现。文献一：通过综合分析水稻的3D基因组、表观基因组和转录组，研究发现，在不同的光照条件下，与昼夜节律相关的基因...
· 植物ATAC-seq文献集锦(一)——基因组篇 · 植物ATAC-seq文献集锦(二)——生长发育篇 文献一:Identification and functional characterization of conserved cis-regulatory elements responsible for early fruit development in cucurbit crops 中文标题:瓜类作物果实早期发育保守顺式调控元件的鉴定与功能表征 发表时间:...
最近在编写全新的ATAC-seq流程,看到一个非常好的文献《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq data analysis》文献堪称是目前最全的ATAC-seq的pipeline教程,对比了很多软件,并给出了结论。笔者总结了一些关键点出来供大家共同学习
对未受伤心肌和梗塞区的心脏成纤维细胞进行了ATAC-seq分析(图3),来研究在MI后心脏成纤维细胞的激活和分化过程中染色质的可及性。结果发现ATAC-seq峰在转录起始位点 (TSS) 和转录终止位点 (TES) 区域以及外显子区域高度富集,而且ATAC...
2月15日,Caleb A. Lareau团队在nature protocols上发表了关于线粒体单细胞ATAC-seq的新方法,论文题目为 Mitochondrial single-cell ATAC-seq for high-throughput multi-omic detection of mitochondrial genotypes and chromatin accessibility。该方法可同时实现高通量线粒体DNA(mtDNA)基因分型和可及性染色质的分析。