ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing)是一种用于探究染色质开放性区域的技术,该技术利用Tn5转座酶接近核小体疏松区域切割暴露的DNA,获得开放的染色质区段(Open Chromatin),通过高通量测序及生物信息学分析来挖掘潜在的活跃转录因子及其靶基因,以此探究生物学相关问题。 图...
RNA-seq分析表明,L1和L2中高表达的基因与细胞分裂和分化有关,而L3中高表达的基因富集在光合作用中。因此,研究者选择L1和L3,通过整合ATAC-seq和RNA-seq,鉴定了735个差异表达基因(DEGs),这些基因的启动子区域中染色质可及性发生了变化,其中包括87个转录因子(TFs),如ABI3VP1、AP-EREBP、MYB、NAC和GRF。通过基序...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明,CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达,从而参与乙烯和生长素信号通路,并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目:核纤层样...
无障碍 关怀版 登录 加载中... 00:00/00:00 评论 还没有人评论过,快来抢首评 发布 易基因:ATAC-seq 技术文献分享 深圳易基因科技 发布于:广东省 2024.10.23 11:52 +1 首赞 收藏 ATAC-seq 技术文献分享 推荐视频 已经到底了 热门视频 已经到底了 ...
近年来,ATAC-seq技术在植物研究中的应用得到了广泛的关注和应用,研究者们使用该技术分析了不同植物物种的基因组结构和功能。以下几篇文献分别展示了ATAC-seq技术在植物研究中的应用和发现。文献一:通过综合分析水稻的3D基因组、表观基因组和转录组,研究发现,在不同的光照条件下,与昼夜节律相关的基因...
sNucATAC-seq 根细胞簇的UMAP拓扑结构与 sNuc/scRNA-seq 簇相似,且相关簇的分布位置也相似,未分化簇位于 UMAP 图的中心,分化细胞相关的簇位于外围。这表明,染色质可及性和基因表达都可以作为标记植物细胞类型的分子标记,并且支持染色质可及性与某些基因的转录活性之间存在相关性的一些实例。
最近在编写全新的ATAC-seq流程,看到一个非常好的文献《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq data analysis》文献堪称是目前最全的ATAC-seq的pipeline教程,对比了很多软件,并给出了结论。笔者总结了一些关键点出来供大家共同学习
本月最新发表了许多利用细胞RNA+ATAC测序技术的研究成果,小编这里速递相关领域的高分和经典研究。 文献一 标题:单细胞多组学揭示人胎盘细胞图谱 文章题目:Spatial multiomic landscape of the human placenta at molecular resolution 发表期刊:Nature Medicine 涉及组学:snRNA-seq、scATACseq、RNA-seq...
对未受伤心肌和梗死区分选出来的心脏成纤维细胞进行RNA-seq分析(图2),发现不同状态的心脏成纤维细胞的转录组数据有明显不同。与来自未受伤心肌的心脏成纤维细胞相比,总计5000个左右的差异基因中有3829个基因在MI后的心脏成纤维细胞差异...
迄今为止,大量RNA和ATAC-seq数据集显示出较低的相关性,这可能是所使用样本的细胞异质性的结果。这一假设得到了人类ENCODE项目的支持,该项目最近发现,在单细胞水平上建立染色质景观对揭示假定的TF结合位点具有很高的信息量。为了更好地评估染色质可及性在控制细胞和细胞类型间植物基因表达中的作用,作者应用10X Genomics...