As noted above, PCR duplicates are artifacts of the procedure, and they should be removed as part of the analysis pipeline (see below for more details). However, computational programs that remove PCR duplicates (e.g. Genrich) typically identify duplicates based on comparing ends of aligned ...
得加这个参数 --REMOVE_SEQUENCING_DUPLICATES true#不然就只是标记重复序列但是不删除, 不想看命令行了#明显不如sambmba简单,果断弃;实际证明运行速度也拉跨samtools view-q30-
图5. ATAC-seq 步骤路线图[7] 图6. ATAC数据分析pipeline[7] 3. 四种分析染色质可及性的实验手段比较 表1. 上述4种染色质可及性分析方法总结 表2. 上述4种染色质可及性分析方法优缺点比较 4. ATAC-seq技术在肿瘤研究中的应用前列腺癌是全球范围内第二常见的癌症,仅2018年全世界就有约2000万新发病例和1...
图5. ATAC-seq 步骤路线图[7] 图6. ATAC数据分析pipeline[7] 3. 四种分析染色质可及性的实验手段比较 表1. 上述4种染色质可及性分析方法总结 表2. 上述4种染色质可及性分析方法优缺点比较 4. ATAC-seq技术在肿瘤研究中的应用 ...
最近在编写全新的ATAC-seq流程,看到一个非常好的文献《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq data analysis》文献堪称是目前最全的ATAC-seq的pipeline教程,对比了很多软件,并给出了结论。笔者总结了一些关键点出来供大家共同学习
图6. ATAC数据分析pipeline[7] 3. 四种分析染色质可及性的实验手段比较 表1. 上述4种染色质可及性分析方法总结 表2. 上述4种染色质可及性分析方法优缺点比较 4. ATAC-seq技术在肿瘤研究中的应用 前列腺癌是全球范围内第二常见的癌症,仅2018年全世界就有约2000万新发病例和1000万死亡病例。转录因子FOXA1(fo...
R_scrip01=/home/data/ssy49/manscript/R/02_plotInsertSize.R #R包代码看下面#建立文件夹 #mkdir-p ~/LX/atac #cd~/LX/atac #:<<"LY1"mkdirsra raw qc clean align peaks motif igv tss :<<"LY1"temp_dir=$(dirname`whichconda`) dir_list=$(cd ${temp_dir};cd ../envs;ls) ...
ATAC-seq: a step-by-step analysis pipeline. UNDER CONSTRUCTION A step-by-step pipeline for the analysis of ATAC-seq data (theassay fortransposase-accessiblechromatin withsequencing), written by theCebola Lab. The resources used to build this pipeiline are listed at the bottom in theResources...
因此，基因的pipeline与ChIP-seq非常类似：bowtie + MACS + peak annotation。质量分析：通过ATAC-seqQC进行质量控制 当我们拿到bam文件后，首先需要考虑的问题是ATAC-seq质量如何。ATACseqQC原本是想重复GreenLeaf最初文献[2]中的图，后来发展成一个ATACseq质量控制软件包。它可以方便地帮助人们查看片段...
ATAC-seq近年来发展迅速,在实验protocol取得了较大的进展,但生物信息学分析工具的进展缓慢,没有成熟的分析pipeline。 在整个分析过程中,比对到参考基因组和质控步骤与RNA-seq和ChIP-seq中类似。至于call peak,大多数ChIP-seq的工具都与ATAC-seq数据兼容,ATAC-seq特异性的call peak工具较少。 对于下游分析,peak差异分...