# ATAC-seq分析主要由3个部分组成 1.pre-analysis (quality -> alignment -> bam file Filtering) 2.core analysis (peak calling) 3.advanced analysis: 1)peak differential analysis and annotation; 2)motif enrichment; 3)footprinting; 4)nucleosome position analysis. # 如下图所示 **NOTE** 现阶段很多...
需要输入两个bed文件,第一个是基因数量的bed文件,将bed文件转为bw格式需要两步:#bedtools genomecov -i input.bed -g chrom.sizes.bed -bg > XX.bedgraph#这一步存疑#XX.bedgraph 有四列, 染色体/起始bp/终止bp/value#所以直接到这一步也可以似乎bedGraphToBigWigXX.bedgraphchrom.sizes XX.bw 这里的XX.bw...
ATAC-seq: a step-by-step analysis pipeline. UNDER CONSTRUCTION A step-by-step pipeline for the analysis of ATAC-seq data (theassay fortransposase-accessiblechromatin withsequencing), written by theCebola Lab. The resources used to build this pipeiline are listed at the bottom in theResources...
目前研究染色质可及性的方法主要有以下四种:MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq和ATAC-seq,其中MNase-seq是通过对核小体保护的DNA测序,从而间接反映染色质可及性的方法,其他三种均为对检测染色质上的开放区域,直接反应染色质的可及性[1]。...
图6. ATAC数据分析pipeline[7] 3. 四种分析染色质可及性的实验手段比较 表1. 上述4种染色质可及性分析方法总结 表2. 上述4种染色质可及性分析方法优缺点比较 4. ATAC-seq技术在肿瘤研究中的应用前列腺癌是全球范围内第二常见的癌症,仅2018年全世界就有约2000万新发病例和1000万死亡病例。转录因子FOXA1(fork...
这两天在总结标题中三种组学方法的分析流程,看到了ENCODE在去年公开的分析流程,感觉像捡到了宝贝一样。一个分析流程是针对ChIP-Seq的,包括转录因子和组蛋白修饰,链接在这里。另一个分析流程是针对ATAC-Seq或者DNAse-Seq的,链接在这里。 之所以说是宝贝,是因为这两个pipeline都提供了一体化的质量控制以及分析流程。开发...
小丫要开ATAC-seq分析的培训班了?pipeline都有人写好了,还要什么培训班! 两个月前发表于Bioinformatics,esATAC,是个R包。 Wei Z, Zhang W, Fang H, Li Y, Wang X (2018). “esATAC: an easy-to-use systematic pipeline for ATAC-seq data analysis.” Bioinformatics. doi: 10.1093/bioinformatics/bty14...
图6. ATAC数据分析pipeline[7] 3. 四种分析染色质可及性的实验手段比较 表1. 上述4种染色质可及性分析方法总结 表2. 上述4种染色质可及性分析方法优缺点比较 4. ATAC-seq技术在肿瘤研究中的应用 前列腺癌是全球范围内第二常见的癌症,仅2018年全世界就有约2000万新发病例和1000万死亡病例。转录因子FOXA1(fo...
补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装,但我们可以借鉴Dockerfile文件里面的安装方法。
Current pipeline supports IDR analysis between either a list of ATAC-seq peak files or between a list of alignment (BAM) files. In the second case, first the BAM files are analyzed and subsampled to contain equal number of reads (minimum number of reads contained in the inputs), and subs...