当然,对于使用者而言,只需安装软件和编辑配置文件即可,配置文件是json格式,由哈希和列表两种元素构成,对于熟悉编程的人而言,非常简单易用, 一个最基础的配置文件链接如下 https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline/blob/master/example_input_json/template.json 利用这套流程来分析ATAC数据,...
https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline/blob/master/example_input_json/template.json 利用这套流程来分析ATAC数据,可以和Encode的质控标准更加契合,进一步标准化ATAC的分析结果!
ENCODE称之为基因组百科全书,该数据库包含了基因组学,转录组学,表观遗传学等许多组学的数据。在提供公共数据的同时,还开源了许多组学数据分析的pipeline,当然也包含了ATAC数据分析的pipeline, 对应的网址如下 https://www.encodeproject.org/atac-seq/ 目前最新版的pipeline网址如下 https://github.com/ENCODE-DCC/a...
在提供公共数据的同时,还开源了许多组学数据分析的pipeline,当然也包含了ATAC数据分析的pipeline, 对应的网址如下 https://www.encodeproject.org/atac-seq/ 目前最新版的pipeline网址如下 https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline ENCODE不仅给出了pipeline, 同时还根据处理ATAC...
https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline 提供了从原始的fastq数据开到,到peak caling结束的基础分析功能,尽管缺少了下游的差异分析和motfi分析,这套流程依然值得推荐。 该流程同时支持有生物学重复和无生物学重复两种情况,对于有生物学重复的数据,分析的流程图如下 ...
atac-seq-pipelinePublic ENCODE ATAC-seq pipeline Python394MIT172882UpdatedJul 18, 2024 snovaultPublic The SnoVault general purpose hybrid object-relational database Python16MIT8228UpdatedMar 7, 2024 chip-seq-pipeline2Public ENCODE ChIP-seq pipeline ...
目前最新版的pipeline网址如下 https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline ENCODE不仅给出了pipeline, 同时还根据处理ATAC数据的经验,给出了质控的标准,非常值得参考。质控标准有以下几点 实验设计时需要考虑生物学重复,每组至少2个生物学重复,对于实现材料有限,无法达到2个生物学重复的样本,也要设计至少2个技术...
ENCODE ChIP-seq pipeline. Contribute to ENCODE-DCC/chip-seq-pipeline2 development by creating an account on GitHub.
ENCODE phase 3和4陆续增加了包括ATAC-Seq, ChIA-PET, Hi-C, eCLIP-Seq等 完整列表请参考:https://www.encodeproject.org/profiles/experiment.json ENCODE的数据模型 (data model) 在一次实验(Experiment)中,会有生物学和技术性重复(Biological and Technical Replicate),制备的文库(Library)以及来源的生物学样本...
目前最新版的pipeline网址如下 https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline ENCODE不仅给出了pipeline, 同时还根据处理ATAC数据的经验,给出了质控的标准,非常值得参考。质控标准有以下几点 实验设计时需要考虑生物学重复,每组至少2个生物学重复,对于实现材料有限,无法达到2个生物学重复的样本,也要设计至少2个技术...