首先，研究人员通过ATAC-seq分析了1-MCP短期或长期处理下木瓜果实染色质可及性的变化。PCA（Pearson correlation analysis）（图2A）显示对照组不同生物重复之间的相关系数为0.96，1-MCP处理2h组的相关系数为0.98和1-MCP处理16h组的相关系数为0.98，不同生物学重复之间具有高相关系数，这表明了该研究采样和数据的...
因OIS细胞数据为已公开发表的数据,这里作者只对正常生长RS细胞和衰老RS细胞进行ATAC-seq建库(图1A)和数据质控分析。PCA(Pearson correlation analysis) 显示所有ATAC-seq样本的相关性较好(图1B)。作者观察到ATAC-seq读取在转录起始位点(TSS)附近有强烈的富集,且在基因中心附近也有ATAC-seq信号的富集(图1E、F) 基于...
首先,研究人员通过ATAC-seq分析了1-MCP短期或长期处理下木瓜果实染色质可及性的变化。PCA(Pearson correlation analysis)(图2A)显示对照组不同生物重复之间的相关系数为0.96,1-MCP处理2h组的相关系数为0.98和1-MCP处理16h组的相关系数为0.98,不同生物学重复之间具有高相关系数,这表明了该研究采样和数据的可靠性。在...
首先,研究人员通过ATAC-seq分析了1-MCP短期或长期处理下木瓜果实染色质可及性的变化。PCA(Pearson correlation analysis)(图2A)显示对照组不同生物重复之间的相关系数为0.96,1-MCP处理2h组的相关系数为0.98和1-MCP处理16h组的相关系数为0.98,不同生物学重复之间具有高相关系数,这表明了该研究采样和数据的可靠性。在...
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管...
对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样本进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq,分别统计得到的clean reads数、Q20、Q30比例。qRT-PCR结果与RNA-seq数据一致,PCA分析表明样本重复性很高。 2 在转录和翻译水平上对寒冷响应 1)翻译特征总结。RFs长度在32nt左右,主要在CDS区域。和CK样本相比,LT样本RFs在5’UT...
白血病样品2,823个细胞特征OCRs PCA分析显示与健康T细胞分离,将其定位在早期DN2和DN3&ISP发育阶段附近(图4B)。19例白血病患者中16例早期发育组DN2和DN3&ISP至少占40%(图4C)。值得注意的是,即使是被免疫表型分类为成熟的T-ALLs也表现出早期DN2染色质可及性概...
BRG1耗竭在pten缺乏的PCa细胞中表现出合成致死性 为了确定BRG1是否在pten缺乏的PCa细胞中是特别需要的,作者首先在一组PCa细胞系中研究了BRG1的功能。作者发现BRG1表达的减少显著降低了PTEN-null PCa细胞的生长,包括PC3、LNCaP和C4-2细胞(图2A)。BRG1 KD未改变PTEN-WT PCa细胞(22RV-1、BPH-1、LAPC4细胞)的生长(...
C. CpG位点甲基化水平的PCA分析。 基于CpG位点甲基化水平的样品无监督分层聚类。根据Spearman相关系数对样本进行聚类,其中前50% CpG位点在所有样本(4542个位点)中表现出最高标准偏差。gdT细胞表示γδT细胞 (2)细胞类型和牛谱系之间的差异甲基化 通过对细胞类型、牛品种和牛谱系的成对比较来分析样本的CGI甲基化水平...
可以对原始的bam文件进行downsampling,也需要选取合适的样本进行差异分析,在PCA里选择合适的样本。 结果一定要符合常识。 核心的可视化: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 pdf("plot.pdf", width=8, height=8) plot(exp1_2) dev.off() ...