我们需要确定 CTCF 基序在基因组中的位置,因此首先我们需要知道 CTCF 基序是什么样的。 motifDB 包包含来自公共数据库(例如 JASPAR)的有关 Motif 的信息。在这里,我们使用带有我们感兴趣的主题 (CTCF) 的 query() 函数来提取 CTCF 主题。 library(MotifDb) library(Biostrings) library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19...
我们需要确定 CTCF 基序在基因组中的位置,因此首先我们需要知道 CTCF 基序是什么样的。 motifDB 包包含来自公共数据库(例如 JASPAR)的有关 Motif 的信息。在这里,我们使用带有我们感兴趣的主题 (CTCF) 的 query() 函数来提取 CTCF 主题。 代码语言:text 复制 library(MotifDb) library(Biostrings) library(BSgenom...
我们需要确定 CTCF 基序在基因组中的位置,因此首先我们需要知道 CTCF 基序是什么样的。 motifDB 包包含来自公共数据库(例如 JASPAR)的有关 Motif 的信息。在这里,我们使用带有我们感兴趣的主题 (CTCF) 的 query() 函数来提取 CTCF 主题。 library(MotifDb)library(Biostrings)library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)C...
Motif 分析 Motif分析旨在识别开放染色质区域中的调控元件和转录因子结合位点。通过分析ATAC-seq数据,研究者可以识别出富集的短序列模式(motifs),并推测可能的转录因子及其对基因表达的影响。这种分析在基础生物学研究和疾病机制探索中具有重要意义,能够帮助我们理解基因调控网络的动态变化和生物学功能。 派森诺生物深耕表观...
ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分:数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析,下面将对各部分内容进行展开讲解。 一、测序数据过滤与质量评估 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads,得到clean reads用于后续分析。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比较新的软...
通过Atac-seq技术,可以对基因组的DNA序列进行高效测序和分析,从而揭示出基因组中的转录因子结合位点以及启动子和增强子的位置,对于理解基因调控网络、基因表达调控等方面具有重要的意义。Motif注释则是Atac-seq数据分析中的一个重要环节,用于鉴定DNA序列中的转录因子结合位点以及其结合的结构特征和序列模式,为后续的功能研...
根据原理可以知道，ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游，得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控，通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。6.3 识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子 常见的染色质开放区主要...
4. Motif富集分析和棉花纤维转录调控网络鉴定 在染色质的Peak区域,可能存在调节附近基因表达的TF结合位点(图4A)。研究确定了两个材料在peak中过度代表的序列motif,以识别参与纤维伸长的TFs。为此,通过MEME-ChIP分析了peak区域内的重复掩模序列。Li2突变体的peak包含87个过表示的motif,而WT 的peak包含39个过表示的moti...
所以ATAC-seq footprints可以帮助我们查看转录因子在全基因组上结合的状态,主要应用于研究细胞重编程机制,染色质重塑因子,表观修饰对疾病的作用域、T细胞耗竭等等。下面这张图就是已知motif的足迹分析,大概会看到有9个碱基作用的motif。 生成表观基因组图谱。
4转录因子Motif分析 在试验中鉴定的Peak区域,为染色质开放的区域,含有转录因子结合位点(transcription factor binding site,TFBS),此位点对于转录因子介导的基因表达的调控起到重要的作用。因此,我们可以通过鉴定富集在Peak区域的代表性的Motif(over- represented)序列推测结合在此区域的潜在...