我们需要确定 CTCF 基序在基因组中的位置,因此首先我们需要知道 CTCF 基序是什么样的。 motifDB 包包含来自公共数据库(例如 JASPAR)的有关 Motif 的信息。在这里,我们使用带有我们感兴趣的主题 (CTCF) 的 query() 函数来提取 CTCF 主题。 library(MotifDb) library(Biostrings) library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19...
我们需要确定 CTCF 基序在基因组中的位置,因此首先我们需要知道 CTCF 基序是什么样的。 motifDB 包包含来自公共数据库(例如 JASPAR)的有关 Motif 的信息。在这里,我们使用带有我们感兴趣的主题 (CTCF) 的 query() 函数来提取 CTCF 主题。 代码语言:text 复制 library(MotifDb) library(Biostrings) library(BSgenom...
我们需要确定 CTCF 基序在基因组中的位置,因此首先我们需要知道 CTCF 基序是什么样的。 motifDB 包包含来自公共数据库(例如 JASPAR)的有关 Motif 的信息。在这里,我们使用带有我们感兴趣的主题 (CTCF) 的 query() 函数来提取 CTCF 主题。 library(MotifDb)library(Biostrings)library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)C...
Motif 分析 Motif分析旨在识别开放染色质区域中的调控元件和转录因子结合位点。通过分析ATAC-seq数据,研究者可以识别出富集的短序列模式(motifs),并推测可能的转录因子及其对基因表达的影响。这种分析在基础生物学研究和疾病机制探索中具有重要意义,能够帮助我们理解基因调控网络的动态变化和生物学功能。 派森诺生物深耕表观...
单组学之 ATAC-seq 定位开放区域、预测潜在调控位点/转录因子 得到ATAC-seq测序数据之后,通过差异分析鉴定差异开放区域/特异性开放区域并注释到相关基因后,即可用于功能注释。 fig1 Peak相关基因注释信息 利用Motif分析解析开放区域具有的保守性的DNA结合位点,并可预测潜在调控peak相关基因的转录因子。 fig2 Motif与已知...
通过Atac-seq技术,可以对基因组的DNA序列进行高效测序和分析,从而揭示出基因组中的转录因子结合位点以及启动子和增强子的位置,对于理解基因调控网络、基因表达调控等方面具有重要的意义。Motif注释则是Atac-seq数据分析中的一个重要环节,用于鉴定DNA序列中的转录因子结合位点以及其结合的结构特征和序列模式,为后续的功能研...
ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分:数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析,下面将对各部分内容进行展开讲解。 一、测序数据过滤与质量评估 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads,得到clean reads用于后续分析。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比较新的软...
ATAC-seq得到的是全基因组尺度上处于开放状态的染色质区域,并且通过分析染色质开放区域的motif可以获得潜在的活跃转录因子及其靶基因。 开放染色质在基因表达调控中具有重要作用,因为其结构较为松散,DNA…
6、ATAC-seq的应用 6.1 核小体定位 核小体定位是ATAC-seq最常见的应用。6.2 鉴定重要转录因子 根据原理可以知道，ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游，得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控，通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全...
在分析ATAC-seq数据时,通常会使用MEME(Multiple Em for Motif Enrichment)等工具来预测染色质可访问区域中的DNA序列模式(motif)。这些模式可以对应于特定的转录因子结合位点,从而帮助我们理解哪些转录因子在这些区域中起作用。 简单来说,ATAC-seq实验可以用于检测细胞中染色质的可访问性,而MEME等工具则可以用于预测可访...