ATAC-Seq试剂盒提供了与Illumina®平台兼容的ATAC-Seq文库制备试剂,与IIIumina Nextera Kit数据具有很高相关性。 图3:使用Active Motif的ATAC-Seq试剂盒与Nextera中的Tn5酶生成的ATAC-Seq数据相比较,peaks峰值信号之间具有高度的相关性(Pearson相关系数为0.97)。这表明Active Motif的ATAC-seq转座酶与Nextera酶在全基...
有两种Adaptors,分别为Adaptor1 (50bp) 和Adaptor2 (53bp)。 其中Adaptor1(5’ illumina Primer1 sequence (29bp)+ Tn5 Read1 sequence(14bp)(再延伸到ME里面7bp)3’),Adaptor2(5’ illumina Primer2 sequence(24bp)+ barcode sequence (8bp)+ Tn5 Read2 sequence (15bp)(再延伸到ME里面6bp)3’) ...
ATAC-Seq服务涵盖实验中的所有步骤,包括膜通透,添加带有接头的转座酶,在开放基因组位置通过转座酶插入接头,文库扩增,Illumina平台上的NGS以及生物信息学分析。我们对标准ATAC-Seq实验进行了优化,以确保我们将为您生成最优质的数据。我们接受培养的细胞系,原代细胞或冷冻组织样品,建议提交100,000个细胞或20-50 mg冷冻组...
材料:miNSC(第10代小鼠诱导性神经干细胞)、小鼠皮质神经干细胞(SCR029)和小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)。测序平台:Illumina HiSeq 4000。 ATAC-seq: 材料:35000个MEF细胞,50,000个miNSC10细胞,50,000个SCR029细胞。测序平台:Illumina HiSeq X Ten...
ATAC-Seq试剂盒提供了与Illumina®平台兼容的ATAC-Seq文库制备试剂,与IIIumina Nextera Kit数据具有很高相关性。 图3:使用Active Motif的ATAC-Seq试剂盒与Nextera中的Tn5酶生成的ATAC-Seq数据相比较,peaks峰值信号之间具有高度的相关性(Pearson相关系数为0.97)。这表明Active Motif的ATAC-seq转座酶与Nextera酶在全基...
当前,由于ATAC-seq普遍使用Illumina的Nextera文库,Nextera测序接头比例过高,进行准确的read比对前需将接头删除。目前,去除接头的工具大多采用不同的动态编程,包括 cutadapt,AdapterRemoval v2 ,Skewer和trimmomatic,它们都需要输入已知的接头序列。Trim-galore,fastp可以自动识别序头序列。对于Nextera和Truseq文库使用trimmomatic...
测序平台:Illumina HiSeq 4000。 2、ATAC-seq 材料:35000个MEF细胞,50,000个miNSC10细胞,50,000个SCR029细胞。 测序平台:Illumina HiSeq X Ten。 3、体内外分化试验 4、行为学试验 筑巢试验,旷场试验,新物体识别试验,Y迷宫试验,morris水迷宫实验。
–adapter:输入 adapter 序列。也可以不输入,Trim Galore! 会自动寻找可能性最高的平台对应的 adapter。自动搜选的平台三个,也直接显式输入这三种平台,即–illumina、–nextera 和–small_rna –stringency:设定可以忍受的前后 adapter 重叠的碱基数,默认为 1(非常苛刻),可以适度放宽,因为后一个 adapter 几乎不可能...
ATAC-seq文库一般采用的是Illumina Nextera建库方法,接头和Truseq文库不一样,所以使用去除接头序列软件cutadapt、AdapterRemoval v2、Skewer或trimmomatic时需要提供Nextera文库的接头序列。 02 序列比对 去除低质量碱基和接头序列后,可以再用FastQC软件做一下质控。质控合格的...
“T字”形微流体系统,与带有Barcode的凝胶微珠、细胞核和酶的混合物形成油包水结构(GEM),Gel beads上接有大量带有Barcodes(用以区分不同细胞核)的捕获序列,随后Gel beads溶解,细胞核破裂,片段化DNA同Barcodes序列连接;最后GEM破裂,DNA片段被释放出来,后续进行Illumina文库构建和测序,这样就可以获得每一个细胞的...