TransNGS®ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina®是针对Illumina高通量测序平台开发的,适用于普通哺乳动物细胞的ATAC文库构建试剂盒,所得文库可用于单端或双端测序。该试剂盒采用新型的转座酶技术,针对染色质开放区域建库测序,仅需3个小时即可完成实验。所需细胞量少,50-50000细胞的起始量均可以获得高分辨率的测...
这样算来,ATAC-seq library的长度=左面(Adaptor1 长度 +剩余部分Tn5的ME(12 bp_TATAAGAGACAG))+ open chromatin 的DNA长度+右面(剩余部分Tn5的ME(13bp_GTATAAGAGACAG)+ Adaptor2 长度)=open chromatin 的DNA长度 + 128bp。 所以,在ATAC-seq的libraries中 mono nucleosome的ATAC-seq library长度大概是(单核小...
这样算来,ATAC-seq library的长度=左面(Adaptor1 长度 +剩余部分Tn5的ME(12 bp_TATAAGAGACAG))+ open chromatin 的DNA长度+右面(剩余部分Tn5的ME(13bp_GTATAAGAGACAG)+ Adaptor2 长度)=open chromatin 的DNA长度 + 128bp。 所以,在ATAC-seq的libraries中 mono nucleosome的ATAC-seq library长度大概是(单核小...
在准备NGS文库的时候，会有用到转座酶Tn5， Nextera DNA Library Preparation Kit ，比如ATAC-seq就有用到这个Tn5。转座酶携带有特定的序列称为 转座子Transposon 。下面是ATAC-seq的工作原理，想必听说过ATAC-seq的，对这个图都会再熟悉不过了。Tn5是kit里面带有的，没什么大不同。ATAC-seq 的barcod...
(3)还增加了经ATAC-Seq和ChIP-Seq实验鉴定的与肿瘤有关的染色质开放区域; (4)此外,基因组版本更新到hg38以及GenCode数据库v41版本,是更适合用于表观基因组全关联分析研究(EWAS)的一款芯片。 2、兼容多种样本类型,包括 FFPE FFPE 组织样本可获得高质量数据,FFPE 兼容性对于癌症研究极为重要,能够支持以大型肿瘤生...
下面的图片就是准备ATAC-seq时候需要用到的index primer （adaptor），和Nextera DNA library prep kit里的有一点类似，但是也很不同。Ad1_noMX是Forward 引物，没有index （barcode），所以只有一个。Reversed引物有24个Ad2.（1-24），所以有24组不同的index （barcode）序列。这个index序列是和Next...
CpG位点升级Illumina EPICv2.0（935K）芯片可检测人全基因组约935,000个CpG位点的甲基化状态，在850K的基础上去除了性能不佳的探针：新增186,000个CpG靶向增强子和超级增强子；更多CTCF结合位点、CNV检测区域、EPIC v1.0覆盖不足的CpG岛以及常见癌症驱动突变；还增加了经ATAC-Seq和ChIP-Seq实验鉴定的与肿瘤有关...
Illumina EPICv2.0-935K 芯片可检测人全基因组约 935,000 个 CpG 位点的甲基化状态,在 850K 的基础上去除了性能不佳的探针,新增 186,000 个 CpG 靶向增强子和超级增强子、更多 CTCF 结合位点、CNV 检测区域、EPIC v1.0 覆盖不足的 CpG 岛以及常见癌症驱动突变,还增加了经 ATAC-Seq 和 ChIP-Seq 实验鉴定的...
还增加了经ATAC-Seq和ChIP-Seq实验鉴定的与肿瘤有关的染色质开放区域; 此外,基因组版本更新到hg38以及GenCode数据库v41版本,是更适合用于表观基因组全关联分析研究(EWAS)的一款芯片。 兼容多种样本类型,包括FFPE FFPE组织样本可获得高质量数据,FFPE兼容性对于癌症研究极为重要,能够支持以大型肿瘤生物样本库为基础的...
还增加了经ATAC-Seq和ChIP-Seq实验鉴定的与肿瘤有关的染色质开放区域; 此外,基因组版本更新到hg38以及GenCode数据库v41版本,是更适合用于表观基因组全关联分析研究(EWAS)的一款芯片。 兼容多种样本类型,包括FFPE FFPE组织样本可获得高质量数据,FFPE兼容性对于癌症研究极为重要,能够支持以大型肿瘤生物样本库为基础的...