Cross-correlation plots课程中的示例数据Nanog_rep1的交叉相关图 ATAC-seq数据特有的fragment size分布 在第一篇ATAC-seq文章里面,如图: 可以使用atacQC 对 ATAC文库出 Fragment size distribution ,示例图如下: 参考资料 哈佛深度NGS数据分析课程https://github.com/hbctraining/In-depth-NGS-Data-Analysis-Course/tr...
ArchR主要以scATAC-seq原始数据经上游处理后的两种常见输出文件(BAM, fragment)作为输入。Fragment文件记录着scATAC-seq的fragment以及对应的细胞ID,每一行都是一条记录,该文件需要是tabix(见注1)排序并建立索引保证能被高效读取。BAM文件则是二进制格式下的tabix排序文件,记录着scATAC-seq的fragment、原始数据、细胞条...
ArchR主要以scATAC-seq原始数据经上游处理后的两种常见输出文件(BAM, fragment)作为输入。Fragment文件记录着scATAC-seq的fragment以及对应的细胞ID,每一行都是一条记录,该文件需要是tabix(见注1)排序并建立索引保证能被高效读取。BAM文件则是二进制格式下的tabix排序文件,记录着scATAC-seq的fragment、原始数据、细胞条...
「Fragments大小分布」: 我们使用plotFragmentSizes函数为绘制所有样本的fragment大小分布。ATAC-seq数据中的fragment大小分布可能会因样本、细胞类型和批次不同,但这和数据质量并不是严格相关。比如说我们的数据在不同组之间就存在一些差别。 p1 <- plotFragmentSizes(ArchRProj = projHeme1) p1 「TSS富集谱」: 我们...
Fragment size distribution TSS富集谱: 我们使用plotTSSEnrichment()函数绘制TSS富集谱。TSS富集谱需要在中心位置有一个明显的峰,在峰的右边还会有一个核小体引起的小隆起(约147 bp)。 p2<-plotTSSEnrichment(ArchRProj=projHeme1)p2 TSS enrichment profiles ...
ATAC-seq数据质量评估主要是看两个图,一个是插入片段分布图(Fragment Insertion Size Distribution),一个是TSS富集峰图。 插入片段分布图 ATAC-seq的插入片段分布有着非常鲜明的特点,一般把<100 bp的片段区域称NFR(Nucleosome-Free Region)也就是无核小体区,这部分区域也是转座酶最容易切割的区域,每隔10.5 bp就有...
使用DiffBind包提取ATAC-seq数据中的差异peaks主要包括以下几个步骤：1.准备输入数据：首先，需要准备ATAC-seq数据，这通常是peak调用软件（如MACS2）产生的peak文件。对于多个样本，你需要为每个样本准备一个peak文件。2.创建样本表：在DiffBind中，你需要创建一个样本表（通常是CSV或者Excel格式），包含样本...
做完比对后,我们仍然需要做质控,从unique mapping reads/rates,duplicated read percentages,fragment size distribution等等方面去评估。 如果遇到下面的情况,则reads需要被去除: 测序数据质量太差 PE测序中无法找到overlap区域 线粒体基因(因为线粒体基因都是可接近的,所以ATAC-seq数据中会有较多线粒体的序列,这部分需...
Post-alignment quality of the ATAC-seq data was assessed by using ourATACseqQCpackage. First, we determined the fragment size distributions of the filtered BAM files. Given that size distributions of libraries from the same studies were more similar than those from different studies, further qual...
Specific to ATAC-seq, an additional QC step is to check the fragment size distribution, which is expected to correspond to the length of nucleosomes:Assess fragment size distribution Remove mitochondrial readsATAC-seq experiments commonly include a high proportion of mitochondrial reads. These should ...