每个重复数据量至少:25M 非重复reads、非线粒体比对reads(单端数据),双端数据为50M,也就是25M 如果按照一对reads算1个fragment。 比对率:大于95%,最低大于80%可接受范围 重复样本一致性:计算一个IDR值(lrreproducible Discovery Rate),需要 rescue ...
细胞质控(图4)会根据细胞内fragment在peak的占比识别真正的细胞,去除非细胞的barcode,保证后续分析的正确。 图4 细胞fragment分布图 Peak注释结果如图5,根据与基因转录起始位点(TSS)的距离,peak可以被注释为3类:启动子区域(promoter), 末端区域(distal)和基因间区(intergenic)。 图5 peak注释结果 细胞分群结果(图6...
nucFree 我们可以通过将 minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数调整为核小体长度片段的预期参数(此处为 180 到 240)来为我们的单核小体信号创建一个图。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 monoNuc<-regionPlot(bamFile=sortedBAM,testRanges=tssLocations,style="point",format="bam",pair...
ArchR主要以scATAC-seq原始数据经上游处理后的两种常见输出文件(BAM, fragment)作为输入。Fragment文件记录着scATAC-seq的fragment以及对应的细胞ID,每一行都是一条记录,该文件需要是tabix(见注1)排序并建立索引保证能被高效读取。BAM文件则是二进制格式下的tabix排序文件,记录着scATAC-seq的fragment、原始数据、细胞条...
# use -X 2000 to allow larger fragment size (default is 500) Bowtie2Index=/nas1/zhangj/database/genome/Mus_musculus/release113/Mus_musculus.GRCm39.dna.primary_assembly.fa # 生成bowtie2.sh cat ../data/cleandata/ID |whilereadid
ATAC-seq数据质量评估主要是看两个图,一个是插入片段分布图(Fragment Insertion Size Distribution),一个是TSS富集峰图。 插入片段分布图 ATAC-seq的插入片段分布有着非常鲜明的特点,一般把<100 bp的片段区域称NFR(Nucleosome-Free Region)也就是无核小体区,这部分区域也是转座酶最容易切割的区域,每隔10.5 bp就有...
在ATAC-seq中,fragment是指由两个转座事件产生的可测序DNA分子,使用双端测序对该fragment进行测序,并根据 Tn5 的插入偏移量调整片段开始和结束的碱基位置。 如前所述,Tn5 转座酶作为同源二聚体与 DNA 结合,两个 Tn5 分子之间具有9 bp的DNA。因此,每个 Tn5 同源二聚体结合事件都会产生两个插入,相隔9bp。因此,...
phantompeakqualtools 是一个用于计算ChIP-Seq数据富集和质量度量值的一个工具包。我们将使用该包来计算基于链交叉相关峰的主要插入大小(fragment length)和基于相对phantom peak的数据质量度量值。phantompeakqualtools是一个R包,依赖samtools。下载phantompeakqualtools ...
ArchR主要接受scATAC-seq原始数据的两种常见输出格式：BAM文件和fragment文件。BAM文件是二进制格式下的排序文件，记录了片段、原始数据和细胞条形码等信息。fragment文件记录了片段以及对应的细胞ID。选择何种文件取决于上游处理流程，例如10XGenomics的CellRanger软件输出的是fragment文件，而sci-ATAC-seq流程则输出...
这个目前还没正式跑过,scATAC-seq用的是cellranger的流程,用的是fragment来call peak,应该也是大同小异。 主要是多了一个BAM to tagAlign的步骤,然后还是用macs来call peak。 对于单端序列。直接用bed格式就可以;对于双端序列,推荐用bedpe格式。这两种格式都可以称之为tagAlign,可以作为macs的输入文件。