在这里,研究人员使用单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 和单细胞染色质可及性分析(scATAC-seq)分析了 17,000 多个 iNKT 细胞的转录组以及四个胸腺 iNKT 发育阶段的 39,000多个 iNKT 细胞的染色质可及性状态。研究发现了 iNKT 前体和不同 iNKT 子集的新特征,并表明 iNKT2 和 iNKT17 谱系定型可能早在两个不同...
细胞中的DNA片段被gel beads上的方向互补序列捕获,由此便为每个细胞中的片段化染色质开放区域的DNA片段加上身份标签。通过PCR随后经过PCR富集便可完成单细胞ATAC-seq的建库。 Fig 5 10X scATAC-seq建库过程 1. Goryshin, I.Y. and W.S. Reznikoff, Tn5 in vitro transposition. J Biol Chem, 1998. 273(13...
首先,通过scRNA-seq数据分析,我们可以识别和鉴定出不同的细胞亚群。接着,我们可以使用scRNA-seq的数据来注释scATAC-seq的细胞亚群,最后我们可以通过WNN分析将scATAC-seq和scRNA-seq数据进行整合,构建两组学整合的细胞图谱,并比较两组学的一致性。通过两组学数据的相互验证,可以帮助我们更准确地识别细胞亚群且更深入分析...
在2019年《Nucleic Acids Research》的第47期No.2中, 来自英国曼彻斯特大学的研究人员发表了单细胞ATAC-seq分析工具Scasat在细胞分类中的应用。 目前,单细胞ATAC-seq分析工具Scasat在细胞分类中的表现出积极的作用。Scasat是一个用简单的步骤处理scATAC-seq数据的完整管道。它将数据视为二进制,并应用特别适用于二进制...
他们最初的实验使用Fluidigm C1的微流体平台来帮助他们研究单细胞,但如今许多单细胞ATAC-Seq(scATAC-Seq)方案使用10X Genomics平台。分离单细胞后,用 Tn5 转座酶标记它们,并使用细胞识别条形码引物通过 PCR 扩增文库。在汇集这些库后,可以像往常一样对它们进行测序。
ATAC-seq建库时只需转座子末端核心序列，转座酶能将其插入基因组内并连接至DNA。相较于传统建库方法，ATAC-seq建库简化多步骤反应为1步反应，大大缩短了建库时间，提高了工作效率。10X genomics的scATAC-seq建库过程中，具体流程细节未详述。相关研究文献来源：1. Goryshin, I.Y. and W.S. Reznikoff...
目前的scATAC-seq数据处理方法中,一个重要的分歧是对于染色质开放区域(open chromatin regions)的定量。scATAC-seq的原始数据是DNA片段(fragments),这些片段来自于两个临近的Tn5转座(如图1a)。 图1a,Tn5 转座位置和测序结果的关系示意图。 ...
应用10×scATAC-seq,研究人员在肿瘤微环境内的免疫细胞中获得了差异开放染色质的更准确的定位。为了解释与单细胞RNA-seq数据相比较少的scATAC-seq数据,科学家开发了各种计算工具,例如chromVAR,Cicero,cisTopic,APEC等。 ChIP-seq和ATAC-seq相结合 比较两个或多个样品时,仅ChIP-seq可能难以寻找有意义的调控元素。在这...
苗振等开发解决单细胞ATAC-seq定量不一致的新方法 单细胞ATAC-seq技术(scATAC-seq)被广泛应用于研究基因表达的调控,包括发掘潜在启动子和增强子(promoters and enhancers),比较转录因子(Transcription factor enrichment)富集等。然而,单细胞ATAC-seq数据的分析流程存在诸多不一致。不一致的数据处理会导致下游结果的不一致,...
该技术整合了长读长单分子测序平台(三代纳米孔测序技术)和单细胞染色质可及性测序技术(scATAC-seq:Single cell Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing)的优势,实现了在一个单细胞中同时检测染色质可及状态以及基因组...