Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
ChIP 测序,也称为 ChIP-seq,是一种对特定组蛋白修饰、DNA 修饰或 TF 的位置进行检测的全基因组分析技术。ChIP-seq 将染色质免疫沉淀 (ChIP) 与大规模并行的 DNA 测序相结合,以鉴定 DNA 相关蛋白的结合位点。如下图所示,蓝色的线表示DNA,ChIP-seq即使用针对特定DNA结合蛋白或组蛋白修饰的抗体来鉴定基因组中的...
Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA,验证感...
ChIP-seq: 即染色质免疫共沉淀测序,是一种用于研究体内蛋白质与 DNA 相互作用的技术。它将染色质免疫共沉淀(ChIP)与第二代测序技术相结合,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段。 其原理如下:首先通过甲醛交联整个细胞系(组织),使目标蛋白与染色质连结起来;然后分离基因组 DNA,并...
ChiP-seq一般都是加抗体去结合蛋白质,已知的组蛋白和转录因子对应功能可以在网上查,一般常见的histone包括H3K27me3(抑制位点)、H3K4me3(激活启动子)和H3K27ac(激活增强子和/或启动子)。H是指组蛋白位点,K是指赖氨酸位点,me是指甲基化修饰个数,ac是乙酰化修饰。有四种组蛋白,H2A、H2B、H3、H4 ...
phantompeakqualtools 是一个用于计算ChIP-Seq数据富集和质量度量值的一个工具包。我们将使用该包来计算基于链交叉相关峰的主要插入大小(fragment length)和基于相对phantom peak的数据质量度量值。phantompeakqualtools是一个R包,依赖samtools。下载phantompeakqualtools ...
常见的ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等技术无法进行单细胞测序，而ATAC-seq经过实验验证是可以进行单细胞测序的。4.3 ATAC-seq技术的局限性 1、Tn5转座酶通过“剪切和粘贴”机制，同时用测序标签对DNA的未保护区域进行片段化以及标记。每个DNA片段两端的测序引物接头都是随机的，这导致一个片段两端的测序引物相同的...
ChIP-Seq 是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究 DNA 和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和 DNA 一起富集,并对富集的 DNA 测序。 整体的分析思路一致,这些技术找富集区域,对富集区域进行功能分析。 相比起来,ATAC-seq 是用 Tn5 转座酶,操作起来也更加简单,重复性好,而且最重要的一点是实验只需...
目前研究染色质可及性的方法主要有以下四种:MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq和ATAC-seq,其中MNase-seq是通过对核小体保护的DNA测序,从而间接反映染色质可及性的方法,其他三种均为对检测染色质上的开放区域,直接反应染色质的可及性[1]。...