MACS2 callpeak -t ~/Downloads/Sorted_ATAC_50K_2_openRegions.bam --outdir ATAC_Data/ATAC_Peaks/ATAC_50K_2 --name Sorted_ATAC_50K_2_Small_Paired_peaks.narrowPeak -f BAMPE -g hs R with_CondaEnv("ATACseq_analysis", system2(command = "macs2", args = c("callpeak", "-t", "~/...
使用CallPeaks()函数可以进行峰值检测,这可以针对不同的细胞群体单独进行,或者综合所有细胞的数据来完成。若要在每个已标记的细胞类型上识别峰值,我们可以通过group.by参数来实现。 peaks<-CallPeaks(object=pbmc,group.by="predicted.id") 结果以 GRanges 对象的形式返回,并带有一个附加元数据列,列出了每个峰在其中...
library(Signac)library(Seurat)pbmc<-readRDS("../vignette_data/pbmc.rds")DimPlot(pbmc) 使用CallPeaks()函数可以进行峰值检测,这可以针对不同的细胞群体单独进行,或者综合所有细胞的数据来完成。若要在每个已标记的细胞类型上识别峰值,我们可以通过group.by参数来实现。 peaks<-CallPeaks(object=pbmc,group.by="...
利用MACS2工具进行ATAC-seq peaks calling。 (1)利用MACS2构建ATAC-seq macs2 callpeak -t ATAC-seq_Rep1_SRR7696734.bam -f BAM -g 1.2e7 -n ATAC_Rep1 -B -q 0.05 --shift -75 --extsize 150 --nomodel --SPMR --keep-dup all --call-summits macs2 callpeak -t ATAC-seq_Rep2_SRR76967...
macs2 callpeak -t 2-cell-1.bed -g mm --nomodel --shift -100 --extsize 200 -n 2-cell-1 --outdir ../peaks/ ls *.bed | while read id ; do (macs2 callpeak -t $id -g mm --nomodel --shift -100 --extsize 200 -n ${id%%.*} --outdir ../peaks/) ; ...
MACS2 callpeak-t~/Downloads/Sorted_ATAC_50K_2_openRegions.bam--outdirATAC_Data/ATAC_Peaks/ATAC_50K_2--nameSorted_ATAC_50K_2_Small_Paired_peaks.narrowPeak-fBAMPE-ghs R 代码语言:text 复制 with_CondaEnv("ATACseq_analysis", system2(command = "macs2", args = c("callpeak", ...
callpeak \-t./sorted/${id}.bam \-fBAM\-g3.6e+8\-n./peaks/${id}\ done 完成后每个样本会输出几个文件: NAME_model.r:可视化双峰模型的 R 代码,对双端测序而言,它本身测的就是文库的两端,因此不用建立模型和偏倚,我们只需要对 MACS 设置参数 –nodel 就能略过双峰模型建立的过程 ...
cat ./SRR_Acc_List.txt | while read id;do macs2 \ callpeak \ -t ./sorted/${id}.bam \ -f BAM \ -g 3.6e+8 \ -n ./peaks/${id} \done 完成后每个样本会输出几个文件: NAME_model.r:可视化双峰模型的 R 代码,对双端测序而言,它本身测的就是文库的两端,因此不用建立模型和偏倚,我们...
六、Call Peaks 1、去除线粒体基因的TagAlign格式文件进行shift操作,输入macs2软件去callpeak smooth_window=150# default shiftsize=$(( -$smooth_window/2 )) pval_thresh=0.01 nohup ls *nodup.nomit.srt.name.tagAlign.gz |whilereadid; \
六、Call Peaks 1、去除线粒体基因的TagAlign格式文件进行shift操作,输入macs2软件去callpeak smooth_window=150# defaultshiftsize=$(( -$smooth_window/2)) pval_thresh=0.01nohup ls *nodup.nomit.srt.name.tagAlign.gz |whilereadid; \domacs2 callpeak \ ...