MACS2 是一种非常流行且标准的 ATAC-seq peaks 识别工具。 MACS2 还发布了一个对应的R包:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/MACSr/inst/doc/MACSr.html(下次学习)。 这次先用bash版本的。 R语言中使用conda来...
Signac 单细胞|ATAC-seq Call peak 引言 本文将向您展示如何利用MACS2软件,在单细胞ATAC-seq的基因组数据中识别基因调控区域的峰值。 实战 在使用Signac进行峰值检测之前,您需要先安装MACS2。您可以通过pip或conda安装它,或者从源代码自行编译。 本次演示以人类外周血单核细胞的单细胞ATAC-seq数据为例。首先,请加载...
本次演示以人类外周血单核细胞的单细胞ATAC-seq数据为例。首先,请加载必要的软件包和预先处理过的Seurat数据对象。 library(Signac) library(Seurat) pbmc <- readRDS("../vignette_data/pbmc.rds") DimPlot(pbmc) 使用CallPeaks()函数可以进行峰值检测,这可以针对不同的细胞群体单独进行,或者综合所有细胞的数据来...
结合ChIP-seq与ATAC-seq:YNL092W基因处于染色质的开放程度较高区域且周边有转录因子结合区域,其表达活性可能受该因素影响。 3.3 Call ChIP-seq peaks with MACS2 Peak calling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域。利用MACS2工具进行ChIP-seq peaks calling。 (1) 将MACS2导入环境 #...
下面,就到了大家读文章时都抓耳挠腮的结果图部分,我们重点来看一下Peak callig和Visualisation: “Peakcalling” ATAC-seq与ChIP-seq calling出来的peak代表的意义是不同的: ChIP-seq是用目的蛋白的抗体去拉蛋白,进而把目的蛋白结合的DNA片段也拉下来,然后...
Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS2) 是用来检测DNA片段富集的软件,尽管当时是针对Chip-seq开发的,但是其非常好的适用于ATAC-seq。现在ATAC-seq主流的call peak软件依然是MACS2。 蛋白或转录因子结合位点附近会有reads富集,MACS2根据一定的统计模型,扫描全基因组,构建双峰模型,结合对照(background)来检测富集...
MACS2 callpeak-tsingleEnd.bam--nomodel--shift37--extsize73--formatBAM-gMyGenome R 代码语言:text AI代码解释 with_CondaEnv("ATACseq_analysis", system2(command = "macs2", args = c("callpeak", "-t", "singleEnd.bam", "--nomodel", "--shift", "37", "--extsize", "73", "--...
虽然像 MACS2 这样的标准 ChIP-seq 通常用于从 CUT&RUN 数据中call peak,但人们担心低读取深度和低背景水平可能会使标准call peak器容易出现更多的假阳性。为了解决这个问题,Henikoff 小组开发了一个名为 SEACR(用于 CUT&RUN 的稀疏富集分析)的工具,它提供了一种分析策略,该策略使用背景信号的全局分布来校准一个...
明码标价之ATAC-seq 这个目前还没正式跑过,scATAC-seq用的是cellranger的流程,用的是fragment来call peak,应该也是大同小异。 主要是多了一个BAM to tagAlign的步骤,然后还是用macs来call peak。 对于单端序列。直接用bed格式就可以;对于双端序列,推荐用bedpe格式。这两种格式都可以称之为tagAlign,可以作为macs的...
划重点|ATAC的peak shift需要这样做 ATAC使用Tn5转座酶来完成文库的构建工作,Tn5转座酶在连接adapter序列时,会存在9bp的gap,如下图所示 上图来自来文献ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide 从图上可以看出,为了填补gap区域,有一个5分钟的延伸过程,gap补齐之后在进行PCR扩增。