这个过程叫做富集峰注释(peak annotation,图2)。如果仅关注某几个区域,就不需要用软件注释,建议直接用IGV或者UCSC Genome Browser查看。 富集峰注释的难点 虽然CHIP-Seq已经有近20年的历史,然而由于基因组上基因的结构非常复杂,不同注释软件在具体细节处理上往往不同,从而导致同一批数据,用不同的软件进行注释,获得的...
1. Yu G, Wang LG, He QY. ChIPseeker: an R/Bioconductor package for ChIP peak annotation, comparison and visualization. Bioinformatics. 2015 Jul 15;31(14):2382-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btv145. Epub 2015 Mar 11. PMID: 25765347. 2. Huang W, Loganantharaj R, Schroeder B, Fargo D...
1. Yu G, Wang LG, He QY. ChIPseeker: anR/Bioconductor package for ChIP peak annotation, comparison and visualization.Bioinformatics. 2015 Jul 15;31(14):2382-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btv145.Epub 2015 Mar 11. PMID: 25765347. 2. Huang W, Loganantharaj R, Schroeder B, FargoD, Li ...
--name Sorted_ATAC_50K_2_Small_Paired_peaks.narrowPeak -f BAMPE -g hs R with_CondaEnv("ATACseq_analysis", system2(command = "macs2", args = c("callpeak", "-t", "~/Downloads/Sorted_ATAC_50K_2_openRegions.bam", "--outdir", "ATAC_Data/ATAC_Peaks/ATAC_50K_2", "--name",...
openRegionPeaks <- "~/Downloads/ATAC_Workshop/ATAC_Data/ATAC_Peaks/Sorted_ATAC_50K_2_Small_Paired_peaks.narrowPeak" qcRes <- ChIPQCsample("~/Downloads/ATAC_Workshop/ATAC_Data/ATAC_BAM/Sorted_ATAC_50K_2_openRegions.bam", peaks = openRegionPeaks, annotation = "hg19", chromosomes = "chr...
最近有粉丝在我们《生信技能树》公众号后台吐槽说某公司给他们测了ATAC-seq,只拿到差异peak,想要不差异的peak居然被告之是额外分析项目,要加钱。各种巧立名目的费用让他害怕,还不如直接找公司要来fastq测序数据,找我们从头开始分析。 一条龙服务,一个ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600。同样的我把这个《ATAC-seq...
("~/Downloads/ENCFF001TDO.bed.gz")openRegionPeaks<-"~/Downloads/ATAC_Workshop/ATAC_Data/ATAC_Peaks/Sorted_ATAC_50K_2_Small_Paired_peaks.narrowPeak"qcRes<-ChIPQCsample("~/Downloads/ATAC_Workshop/ATAC_Data/ATAC_BAM/Sorted_ATAC_50K_2_openRegions.bam",peaks=openRegionPeaks,annotation="...
IDR算法同时考虑了peaks间的overlap和富集倍数的一致性。上面的图所有的点都是两个样本间相互overlap的peak,也就是都是可重复的,红点代表富集倍数是有差别的,黑点代表富集倍数是一致的,因此黑点数量越多越好。 Peak Annotation 拿到peak后,如果想要知道这些peak在基因组的哪些地方分布功能是什么,就需要对peak进行注释,...
A:Peak_annotation的结果是对peak落点基因的分析,peak在基因上的落点主要分为两种,一种是在基因的上下游区域,另一种是落在基因区域,Locus文件夹中是对peak落点在基因区域的基因注释表格,Nearest文件夹是peak落点在基因的启动子区域的基因注释表格。 4、Q:如何查看结果中某个peak对应基因的reads覆盖峰图?
因此，基因的pipeline与ChIP-seq非常类似：bowtie + MACS + peak annotation。质量分析：通过ATAC-seqQC进行质量控制 当我们拿到bam文件后，首先需要考虑的问题是ATAC-seq质量如何。ATACseqQC原本是想重复GreenLeaf最初文献[2]中的图，后来发展成一个ATACseq质量控制软件包。它可以方便地帮助人们查看片段...