比如ATAC-seq得到peak后,从motif筛到了转录因子,那么结合ChIP-seq查看转录因子的作用位点,就可以知道是作用在promoter区域呢还是enhancer区域。 除此之外,由于单细胞RNA-seq的普及,目前还出现了一些新兴的scATAC-seq+scRNA-seq,用来检测每个细胞的染色体开放情况。...
比如ATAC-seq得到peak后,从motif筛到了转录因子,那么结合ChIP-seq查看转录因子的作用位点,就可以知道是作用在promoter区域呢还是enhancer区域。 除此之外,由于单细胞RNA-seq的普及,目前还出现了一些新兴的scATAC-seq+scRNA-seq,用来检测每个细胞的染色体开放情况。 参考:科研忍者老熊:一文详解ATAC-seq原理+读图:表观遗...
细胞质控(图4)会根据细胞内fragment在peak的占比识别真正的细胞,去除非细胞的barcode,保证后续分析的正确。 图4 细胞fragment分布图 Peak注释结果如图5,根据与基因转录起始位点(TSS)的距离,peak可以被注释为3类:启动子区域(promoter), 末端区域(distal)和基因间区(intergenic)。 图5 peak注释结果 细胞分群结果(图6...
library(ChIPpeakAnno) library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene) library(org.Mm.eg.db) library(BiocInstaller) library(ChIPseeker) txdb <- TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene promoter <- getPromoters(TxDb=txdb, upstream=3000, downstream=3000) files = list(DMSO_24h_wt_rep1 = "SRR12692092_summit...
promoter:启动子。启动子是位于结构基因 5’端上游的 DNA 序列,能活化 RNA 聚合酶,使之与模板 DNA 准确的结合并具有转录起始的特异性。每个启动子包括至少一个转录起始点以及一个以上的功能组件。 proximal promoters:近端启动子。是 DNA 上位于基因开始之前的一个区域,在那里蛋白质和其他分子结合在一起准备读取该...
最近有粉丝在我们《生信技能树》公众号后台吐槽说某公司给他们测了ATAC-seq,只拿到差异peak,想要不差异的peak居然被告之是额外分析项目,要加钱。各种巧立名目的费用让他害怕,还不如直接找公司要来fastq测序数据,找我们从头开始分析。 一条龙服务,一个ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600。同样的我把这个《ATAC-seq...
setwd("path to bed file")library(ChIPpeakAnno)library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)library(org.Mm.eg.db)library(BiocInstaller)library(ChIPseeker) txdb <- TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene promoter <- getPromoters(TxDb=txdb, upstream=3000, downstream=3000) ...
文献七:Increasing Fruit Weight by Editing a Cis-Regulatory Element in Tomato KLUH Promoter Using CRISPR/Cas9. 中文标题:利用CRISPR/Cas9编辑番茄KLUH启动子顺式调控元件增加果实重量 发表时间:2022.04 发表期刊:Front Plant Science(IF:5.6) 研究物种:番茄 研究技术:CRISPR/Cas9基因编辑、表型分析、qRT-PCR、ATAC...
ChIP-seq：直接检测与转录因子结合的DNA序列，但一次测序只能提供一个转录因子的信息，检出率相对较低。D...
最近有粉丝在我们《生信技能树》公众号后台吐槽说某公司给他们测了ATAC-seq,只拿到差异peak,想要不差异的peak居然被告之是额外分析项目,要加钱。各种巧立名目的费用让他害怕,还不如直接找公司要来fastq测序数据,找我们从头开始分析。 一条龙服务,一个ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600。同样的我把这个《ATAC-seq...