ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...
ATAC-Seq实验仅需要约50,000个细胞作为起始样本,且实验步骤相对较为简单,是开始表观遗传研究的一种非常高效的方法。 ATAC-Seq 实验原理 在ATAC-seq试验中,细胞或组织样本在核质分离后,将细胞核单独收集在一起,并通过Tn5转座酶对核内的染色质进行切割。紧密包裹的染色质DNA不会被Tn5转座酶切割,而开放区域的染色质...
ATAC-seq实验相较于现有的表观遗传学技术有明显的优势,其中包括: 1. 简单快速的实验流程 无需特殊仪器:ATAC-seq的实验流程相对简单,不需要昂贵的特殊仪器,只需基础的分子生物学实验设备即可。 快速高效:整个实验流程可以在一天内完成,从细胞裂解到测序文库构建,节省了大量的时间。 2. 全基因组范围的覆盖 全面性:...
技术介绍 | 详解 ATAC-Seq ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之...
ATAC-Seq实验仅需要约50,000个细胞作为起始样本,且实验步骤相对较为简单,是开始表观遗传研究的一种非常高效的方法。 ATAC-Seq 实验原理 在ATAC-seq试验中,细胞或组织样本在核质分离后,将细胞核单独收集在一起,并通过Tn5转座酶对核内的染色质进行切割。紧密包裹的染色质DNA不会被Tn5转座酶切割,而开放区域的染色质...
下面,我们简要概述了ATAC-Seq实验步骤,该步骤可分为两个主要部分:细胞制备和转座。 细胞制备 第一步需要收获细胞。由于用于ATAC-Seq分析的细胞数量对于转座反应和生成的DNA片段的大小分布至关重要,因此对细胞进行计数非常重要。此外,细胞应完好无损,并且是均匀的单细胞悬浮液。收获后,用非离子型去污剂裂解细胞以产生纯...
ATAC-seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写，最早是由斯坦福大学的Howard Chang和William Greenleaf实验室的首席研究员Jason Buenrostro于2013年在Nature Methods首次发表。3、ATAC-seq的原理及过程 ATAC-seq是一种研究表观遗传的创新型技术，它是一种在全基因组水平上...
ATAC-Seq实验原理 ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合...
另一个思路是,通过ATAC-seq技术检测染色质开放区域的DNA,初步看一下分布在基因启动子区域的差异peak,随后进行RNA-seq实验,对差异peak注释基因与RNA差异表达基因的交集进行功能分析,以揭示其潜在的生物学功能,最终,结合实验进行验证,以确保研究结果的准确性。
ATAC-seq是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用来研究染色质可及性的方法。与具有同种功能的DNase-Seq、MNase-seq和FAIRE-Seq相比起来，ATAC-seq操作简单，重复性好，实验只需要很少的起始细胞/组织量（＜50000个细胞），信号噪比高。与ChIP-seq、CUT&tag以及DAP-seq相比，并不...