关于ATAC-Seq实验计数的认识:个人认为,ATAC-Seq相对先前的染色质状态检测技术来说,减少了实验步骤,节约了实验时间,更易于好操作,分析也可以套用ChIP-Seq的数据分析方法;它可以用来辅助其它实验结果说明问题,但要验证这一实验得到结果也需要其它实验进行验证。希望早日出现操作更加容易,准确性更高的染色质状态检验方法。
相比起来,ATAC-seq 是用 Tn5 转座酶,操作起来也更加简单,重复性好,而且最重要的一点是实验只需要很少的细胞/组织量,出来的信号也更加漂亮,所以 ATAC-seq 目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC-seq 技术 ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5:DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导,把 DNA 序列从染色体...
本ATAC-seq试剂盒优化了反应体系和实验操作流程,文库时间更短(仅需3小时)即可完成文库构建,起始样本要求更低,抗体投入量更少,文库产量更高等优点,是表观遗传学研究技术的又一研究利器,目前已开放GeneRulor Transposome和ATAC-seq的试用申请,欢迎查询采购和申请免费试用。
传统的染色质开放性检测方法只能告诉我们一个样本中有多少比例的细胞在某个基因区域是开放的,但单细胞ATAC-seq则可以精确到每个细胞,揭示个体细胞之间的异质性。 三、单细胞ATAC测序的实验流程 单细胞多组学工作流程: 细胞核制备:LabEx可提供新鲜组织单细胞分选、单细胞提核服务。 细胞核捕获:分离单个细胞核,用带有测...
在实验设计上,可以比较DNA聚合酶、转录因子、转录调控因子在不同类型样本中的转录调控差异。这些转录的差异又可以为下游的蛋白调控提供信息。 例如:在某些疾病、肿瘤组织,根据RNA-seq的结果提示样本转录表达的差异,在这些情况下,ATAC-seq可以从源头,即基因转录的情况提供信息,从而有可能证明转录差异的表达是由转录起始...
图 ATAC-seq概述（Buenrostro et al., 2015）。服务流程 服务流程 客户在线下单——订单/实验材料确认——材料准备——制备细胞悬液——裂解细胞膜——获取细胞核——TN5酶切——DNA片段回收——PCR扩增建库——高通量测序——数据分析——结果交付 服务内容及说明 服务内容及说明 适用范围 1、发育过程中染色质...
嘉因生物-ATAC-seq实验原理及应用, 视频播放量 1109、弹幕量 0、点赞数 21、投硬币枚数 11、收藏人数 57、转发人数 23, 视频作者 表观遗传上海嘉因, 作者简介 2014年伊始 专注表观遗传10年 更专业 更放心 http://www.rainbow-genome.com/,相关视频:千年诅咒,2026年即将发
1、转座酶方法可以将实验时间缩短至2-3小时，通过简单的酶促反应实现DNA片段化，避免了繁琐传统的DNA片段化、末端修复以及添加测序引物。2、简化的实验过程减少了样品制备的时间，减少了误差的概率，显著提高了实验的成功率和重复性。相比而言，DNase-seq和MNase-seq实验通常需要2-3天，FAIRE-seq实验通常需要3-4天。
简单说一下几个常用的检测染色质开放区的方法。 一种是传统的使用DNA酶的实验方法MNase-seq和Dnase-seq。两者的思路都是将开放染色质区的DNA用DNA酶酶切后进行高通量测序。前者用的是限制性外切酶,将不受核小体保护的区域切除,只留下核小体上缠绕的DNA序列;后者用的限制性内切酶,将受核小体保护的区域切除,留...
尝试到此。建立了atac-seq的索引。 3、将重复序列的文件与转录因子进行比较。 我想画得一张图是,比如行是转录因子,列是重复序列的家族。 cp/home/xxzhang/workplace/project/geneRegion/repeat_interest.bed ./catrepeat_interest.bed |sed's/\s/\t/g'|bgzip -c >Hs_repeat.bed.gz ...