本ATAC-seq试剂盒优化了反应体系和实验操作流程,文库时间更短(仅需3小时)即可完成文库构建,起始样本要求更低,抗体投入量更少,文库产量更高等优点,是表观遗传学研究技术的又一研究利器,目前已开放GeneRulor Transposome和ATAC-seq的试用申请,欢迎查询采购和申请免费试用。
传统的染色质开放性检测方法只能告诉我们一个样本中有多少比例的细胞在某个基因区域是开放的,但单细胞ATAC-seq则可以精确到每个细胞,揭示个体细胞之间的异质性。 三、单细胞ATAC测序的实验流程 单细胞多组学工作流程: 细胞核制备:LabEx可提供新鲜组织单细胞分选、单细胞提核服务。 细胞核捕获:分离单个细胞核,用带有测...
在表观遗传研究中,ATAC-seq 能够探索表观修饰是否与研究目标有相关性,可通过 Open Chromatin 区域和 Motif 分析寻找参与基因调控的转录因子。ATAC-seq、CUT&Tag 和 RNA-seq 等方法技术能够助力科研人员进行相关研究 ATAC-seq 的技术限制 Tn5 通过插入剪断 DNA 并将测序接头连接到剪断的两个 DNA 片段的末端,因此对...
1. 细胞核制备 裂解细胞,制取细胞核。高灵敏度ATAC-seq实验方案2.0(目录号:N248)最低兼容500个细胞进行实验,且提供常用的基础细胞裂解液,适用于人源、鼠源的细胞系;同时,对于其他非实验室培养细胞系的裂解,也可参照相关文献,在基础细胞裂解液中添加相应的成分从而达到更好的裂解效果。高质量的细胞核是实验成功的...
在ATAC-seq实验中,细胞核被孵育在含有转座酶的反应液中,转座酶会识别并结合到染色质上的开放区域,然后插入DNA测序适配器。接着,DNA片段被PCR扩增,并进行高通量测序。通过测序数据的分析,可以确定染色质的可及性和开放区域的位置。 2. 实验流程: a. 细胞溶解,首先,需要从目标细胞中提取细胞核,并将其溶解。 b....
图 ATAC-seq概述（Buenrostro et al., 2015）。服务流程 服务流程 客户在线下单——订单/实验材料确认——材料准备——制备细胞悬液——裂解细胞膜——获取细胞核——TN5酶切——DNA片段回收——PCR扩增建库——高通量测序——数据分析——结果交付 服务内容及说明 服务内容及说明 适用范围 1、发育过程中染色质...
二、单细胞ATAC实验流程 1. 细胞准备:同样,首先需要获取单个细胞。 2. ATAC反应:细胞核被裂解,染色质被酶切,形成开放染色质区域的小片段。这些小片段包含着转录因子的结合位点信息。 3. PCR扩增:与转录组学类似,这些小片段也需要通过PCR进行扩增。 4. 测序:扩增后的DNA片段进行测序,获取ATAC-seq数据。 5. 数...
上面PCR扩增这一步的流程,可以看到Tn5酶切过程中会在上下游分别产生一个缺口,因此需要72℃延伸的过程来补平缺口。引入barcoded primer是为了区分不同的样品(单细胞测序的话是区分不同类型细胞)。 从上面的实验流程也可以看出,ATAC-seq中比较重要的步骤是细胞悬液制备和提取完整的细胞核,在细胞裂解和提取细胞核过程...
1. ATAC-seq可以得到实验时点全基因组染色质开放信息,RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息,将两个组学数据联合分析,可以获得该时点下影响基因表达的的上游调控区域,寻找到影响基因表达的潜在TF(Transcription Factor)。 2. 通过对比不同细胞或者相同细胞在不同阶段的组学数据,可以对比出基因表达调控的差异。
1.3 Workflow of ChIP-seq ChIP的流程大致如下，简单分为 第一步： 使用甲醛和大批量 DNA 进行...