bamCoverage --binSize 100 --normalizeUsing RPKM -p 40 -b <干净的aliged.bam> -o <coverage.bw> 2.5 寻找特性型富集区域(call peak):macs2 macs2是一种寻找reads特异性富集区域的方法,即寻找蛋白质富集区域(Chip-Seq),染色质开放区域(ATAC-Seq),在鉴定peak富集模式时,有broad domains和narrow peaks两种...
1.一种微量冷冻组织atac ‑ seq测序文库的构建方法,其特征在于,包括如下步骤:s1:进行研磨组织,制备细胞悬液并提取细胞核的步骤;s2:进行转座及纯化的步骤;s3:进行pcr富集,并构建文库及片段筛选的步骤;s4:进行文库质检的步骤。2.根据权利要求1所述的微量冷冻组织atac ‑ seq测序文库的构建方法,其特征在于,s1:进...
步骤s1:对老年黄斑变性的atac-seq测序数据进行分析与质控,为了保证数据质量,首先对下机的原始数据进行质控和过滤,过滤掉含有adapter的数据、含n比例大于10%的数据和低质量的数据(质量值q≤10的碱基数占整条read的40%以上),得到高质量的clean数据用于后续生物信息分析,reads过滤信息如下表1所示。并且,还会将样本的数据...
一种适用于植物atac-seq测序技术的文库构建方法,所述方法包括以下步骤: (1)制备植物单细胞悬液; (2)nucleiextractionbuffer裂解细胞膜,获得细胞核并纯化;所述纯化方法为以下处理:依次经细胞核提纯缓冲液提纯细胞核、经细胞核分离缓冲液进行密度梯度离心分离细胞核; (3)收集细胞核进行定量和细胞核完整性检测; (4)完...
为了达到上述目的,本发明采用的技术方案为:一种atac-seq测序文库的构建方法,包括如下步骤:s1、细胞裂解提取细胞核;s2、转座反应及纯化;s3、pcr富集及纯化;s4、文库质检及上机。优选地,步骤s1中所述细胞裂解细胞核的提取过程为:对于细胞样本,复苏解冻细胞,进行细胞裂解提取细胞核;对于动物、植物组织样本,制备细胞悬液...
atac-seq(assayfortransposase-accessiblechromatinwithhigh-throughputsequencing,染色质易开放区测序)是利用tn5转座酶切割染色质开放区,并加... 该技术已申请专利,请尊重研发人员的辛勤研发付出,在未取得专利权人授权前,仅供技术研究参考不得用于商业用途。 详细技术文档下载地址↓↓...
一种适用于细胞系和动物组织atac-seq测序技术的文库构建方法,所述方法包括以下步骤: (1)收集细胞或动物组织,制备细胞悬液; (2)加入含np40的裂解液,裂解细胞膜,获得细胞核并纯化; (3)收集细胞核进行定量和细胞核完整性检测; (4)完整细胞核中加入tn5转座酶进行转座反应并纯化; (5)pcr扩增,构建二代文库并纯化...
6.为达到上述要求,本发明采取的技术方案是:提供一种微量冷冻组织atac‑seq测序文库的构建方法,该微量冷冻组织atac‑seq测序文库的构建方法包括如下步骤:7.s1:进行研磨组织,制备细胞悬液并提取细胞核的步骤;8.s2:进行转座及纯化的步骤;9.s3:进行pcr富集,并构建文库及片段筛选的步骤;10.s4:进行文库质检的步骤。