ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...
ATAC-seq(Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing)是一种快速检测方法,可通过识别具有开放或可及状态的染色质区域来分析整个基因组的表观遗传概况。 ATAC-Seq实验仅需要约50,000个细胞作为起始样本,且实验步骤相对较为简单,是开始表观遗传研究的一种非常高效的方法。 ATAC-Seq 实验...
ATAC-seq数据可以帮助研究者识别易于CRISPR-Cas9等基因组编辑技术靶向的位点,从而提高基因编辑的效率和特异性。 (8)植物生物学 在植物中,ATAC-seq可以用来研究环境变化(如干旱、盐胁迫)如何影响染色质可及性和基因表达,这对于理解植物对环境适应的分子机制非常有用。 (9)免疫学 ATAC-seq可以用来研究免疫细胞在激活或...
ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...
ATAC-seq(Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing)是一种快速检测方法,可通过识别具有开放或可及状态的染色质区域来分析整个基因组的表观遗传概况。 ATAC-Seq实验仅需要约50,000个细胞作为起始样本,且实验步骤相对较为简单,是开始表观遗传研究的一种非常高效的方法。
ATAC-seq文库的构建包括细胞核制备、转位和扩增三个步骤。首先，将待检查的组织或细胞悬置为完整的、均匀的单细胞，随后在裂解缓冲液中培养产生粗核（图3A）。其次，悬浮的细胞核在转位反应混合物中孵育，产生DNA片段（图3B）。最后，将转置的DNA进行扩增，生成测序文库（图3C）。转座酶与样品染色质的反应是ATAC实...
这项技术的最大优势在于它的高分辨率。传统的染色质开放性检测方法只能告诉我们一个样本中有多少比例的细胞在某个基因区域是开放的，但单细胞ATAC-seq则可以精确到每个细胞，揭示个体细胞之间的异质性。三、单细胞ATAC测序的实验流程 单细胞多组学工作流程：细胞核制备：LabEx可提供新鲜组织单细胞分选、单细胞提核服务...
ATAC-Seq实验原理 ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合...
尽管ATAC-seq 实验方法相对简单且稳定,但是专门为 ATAC-seq 测序数据开发的生物信息学分析软件却非常少。由于 ATAC-seq 和 ChIP-seq 数据的相似性较高,ChIP-seq 分析使用的软件一般也可用于 ATAC-seq 的分析,但是使用 ChIP-seq 软件分析得到的 ATAC-seq 结果尚未得到系统性的评估。
图1 实验策略流程图 研究结果 1 ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样本进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq,分别统计得到的clean reads数、Q20、Q30比例。qRT-PCR结果与RNA-seq数据一致,PCA分析表明样本重复性很高。