(4)识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子:常见的染色质开放区主要是基因上游的启动子和远端的调控元件比如增强子和沉默子,而ATAC-seq可以识别染色质的开放区,因此,ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子。 (5)表观遗传学研究:ATAC-seq提供了关于染色质结构如何在不同环境因素、遗传背景或表观遗传...
文献一:HSFA1a modulates plant heat stress responses and alters the 3D chromatin organization of enhancer-promoter interactions 中文标题:HSFA1a调节植物热胁迫反应并改变增强子-启动子相互作用的三维染色质组织 发表时间:2023.01 发表期刊:Nature Communications(IF:16.6) 研究物种:番茄 胁迫类型:热胁迫 研究技术:Hi...
染色质作为一种动态核结构，在细胞周期的间期具有转录活性，而在中期则相对不活跃(Pederson Thoru, 2004)。转录调控是染色质结构和大量转录因子被招募到增强子、上游激活子序列和近端启动子元件之间的动态相互作用。这些转录因子将RNA聚合酶招募到核心启动子上，以产生转录(Gottesfeld Joel M. and Carey Michael F., ...
然后我们可以使用 resize() 函数提取每个基因（TSS）的起始位置。这里我们将固定位置设置为开始，宽度设置...
CREs:顺式调控元件。即 DNA 分子中具有转录调节功能的特异 DNA 序列。按功能特性,真核基因顺式作用元件分为启动子、增强子及沉默子。 ACRs:染色质开放区域。即正常或核小体被酶切裸露出来的 DNA 片段所在的区域。 transposon:转座子。一段可以从原位上单独复制或断裂下来,环化后插入另一位点,并对其后的基因起调...
增强子和启动子的关系:增强子是通过启动子来增加转录的。 增强子和启动子之间的相互作用 有效的增强子可以位于基因的5’端,也可位于基因的3’端,有的还可位于基因的内含子中。可以看到增强子和调控的基因的关系相对于启动子和其调控的基因要复杂得多。所以在下周的另一篇有关染色质可接近性的文章中,作者预测增强子和...
常见的染色质开放区主要是基因上游的启动子和远端的调控元件比如增强子和沉默子,而ATAC-seq可以识别染色质的开放区,因此,ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子。 6.4 多组学联用 ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息,RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息,将两个组学数据联合分析,...
开放染色质区域通常对应于基因启动子、增强子等关键调控元件,这些区域的开放性与基因活性密切相关。因此,通过分析开放染色质的分布和状态,研究人员可以识别细胞类型特异性调控区域、解析基因表达的动态变化以及探究在不同生理和病理条件下基因调控的差异。开放染色质的研究有助于理解细胞分化、发育、环境响应等过程中基因...
增强子一般位于启动子下游或上游1Mb的DNA区域,转录因子与增强子结合,并与启动子区域接触时,能够促进基因的转录。相反,沉默子会减少或抑制基因的表达。 所以说,ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子,也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、...
增强子除共享单个转录因子结合位点外,一般不显示普遍的序列守恒,也就是说很难被定位。而染色质的可及性是增强子鉴定的一个重要因素,许多与复杂性状相关的遗传变异优先位于易接近的染色质区域。因此,染色质开放区的研究价值我们也就不言而喻啦～ 方法 对于染色质,目前基于NGS的研究手段主要有:ChIP-Seq、DNase-Seq、...