1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样...
c(1:21, "X", "Y", "M")) myindex <- (match(seqnames(tssLocations), mainChromosomes)) ...
1、ATAC-seq+RNA-seq: 在常规思路中,RNA-seq通常优先于ATAC-seq进行实验,获得差异表达基因后,后续可进一步运用ATAC-seq的motif分析,对启动子区域的染色体开放性染色质开放性发生变化的差异基因进行深入探究,并识别出特定的转录因子结合情况,基于这些分析结果,再进行后续的验证实验。 另一个思路是,通过ATAC-seq技术检...
ATAC-Seq实验表明,RING1B(PRC1复合物的一个成员)的降低会导致增强子区域的染色质可及性发生变化。此外,RING1B的丢失导致约500个开放的染色质峰的丢失,并且在增强子附近出现了600多个新的开放区域。Motif分析表明,增强子区域丢失的峰包含FOXA1 / 2结合位点,而预测的峰包含CTCF结合位点,表明RING1B在乳腺癌细胞中...
常见的染色质开放区主要位于基因上游的启动子和远端的调控元件，如增强子和沉默子。启动子是靠近转录起始点的DNA区域，它包含转录因子的结合位点，增强子则位于启动子下游或上游1Mb的DNA区域，与启动子接触时能促进基因的转录。ATAC-seq归根结底能用来干什么？ATAC-seq可用来鉴定重要转录因子、生成转录因子...
染色质的开放程度，直接影响着基因的表达，如转录因子、增强子等元件的结合和活性，进而影响细胞的功能。这就引出了ATAC-seq技术（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with sequencing），它是一种检测染色质开放状态的方法。简单来说，ATAC-seq能告诉我们在特定细胞中哪些DNA区域是“开放”的，哪些是“关闭”的...
ATAC-seq只需要很少的细胞就能鉴定基因组中所有活跃的调控序列。背景说明 表观遗传学调控主要由3大类调控模式组成：组蛋白修饰、DNA修饰和染色质构象。ATAC-seq是研究染色质构象的常用手段之一，其原理是通过Tn5转座酶在细胞核内的染色质DNA上进行随机转座，转座成功的DNA被加上测序用接头序列，通过PCR扩增、高通量测序...
6.2 鉴定重要转录因子 根据原理可以知道，ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游，得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控，通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。6.3 识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子 ...
Part 3 ATAC-seq技术原理 随着对基因调控机制认识的深入,人们发现表观遗传学的变化起着重要的作用。这些变化有DNA碱基修饰和染色质结构变化。目前可以使用广泛的测序技术来测量表观遗传学中染色质结构从低水平到高水平的变化。比如,检测DNA甲基化的重亚硫酸盐测序法、检测3D基因组的Hi-C、DNase-seq、MNase-seq、FAI...
在bulk ATAC-seq实验中，通过对细胞群体进行处理，使用转座酶在开放染色质区域插入测序接头，然后对插入...