mainChromosomes <- paste0("chr", c(1:21, "X", "Y", "M")) myindex <- (match(seqnam...
作者进一步验证了ATAC-seq与FAIRE-seq两种方法在鉴定启动子、增强子、绝缘子方面的都能发挥相应作用(Fig2E--G),两种方法对较,发现ATAC-seq方法的效果更加显著。 Fig 1. Enhancer identification in the eye primordium by ATAC-seq and FAIRE-seq. ( 通过ATAC-seq和FAIRE-seq识别眼睛原基中的增强子 ) Fig 2. Co...
(4)识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子:常见的染色质开放区主要是基因上游的启动子和远端的调控元件比如增强子和沉默子,而ATAC-seq可以识别染色质的开放区,因此,ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子。 (5)表观遗传学研究:ATAC-seq提供了关于染色质结构如何在不同环境因素、遗传背景或表观遗传...
增强子一般位于启动子下游或上游1Mb的DNA区域,转录因子与增强子结合,并与启动子区域接触时,能够促进基因的转录。相反,沉默子会减少或抑制基因的表达。 所以说,ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子,也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、...
增强子除共享单个转录因子结合位点外,一般不显示普遍的序列守恒,也就是说很难被定位。而染色质的可及性是增强子鉴定的一个重要因素,许多与复杂性状相关的遗传变异优先位于易接近的染色质区域。因此,染色质开放区的研究价值我们也就不言而喻啦～ 方法 对于染色质,目前基于NGS的研究手段主要有:ChIP-Seq、DNase-Seq、...
在本项研究中采用了多种测序技术:首先通过ATAC-seq评估染色质可及性;其次利用H3K27ac ChIP-seq鉴定活性增强子;接着采用RNA-seq检测基因表达差异;并通过CTCF ChIP-seq验证活性增强子的定位,并以TCF7L2 ChIP-seq作为代谢相关转录因子作用位点,揭示了小鼠肝脏中候选调控SNPs(rSNPs)的作用机制。
6.2 鉴定重要转录因子 根据原理可以知道，ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游，得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控，通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。6.3 识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子 ...
ATAC-seq只需要很少的细胞就能鉴定基因组中所有活跃的调控序列。背景说明 表观遗传学调控主要由3大类调控模式组成：组蛋白修饰、DNA修饰和染色质构象。ATAC-seq是研究染色质构象的常用手段之一，其原理是通过Tn5转座酶在细胞核内的染色质DNA上进行随机转座，转座成功的DNA被加上测序用接头序列，通过PCR扩增、高通量测序...
常见的染色质开放区主要位于基因上游的启动子和远端的调控元件，如增强子和沉默子。启动子是靠近转录起始点的DNA区域，它包含转录因子的结合位点，增强子则位于启动子下游或上游1Mb的DNA区域，与启动子接触时能促进基因的转录。ATAC-seq归根结底能用来干什么？ATAC-seq可用来鉴定重要转录因子、生成转录因子...
ChIP 测序,也称为 ChIP-seq,是一种对特定组蛋白修饰、DNA 修饰或 TF 的位置进行检测的全基因组分析技术。ChIP-seq 将染色质免疫沉淀 (ChIP) 与大规模并行的 DNA 测序相结合,以鉴定 DNA 相关蛋白的结合位点。如下图所示,蓝色的线表示DNA,ChIP-seq即使用针对特定DNA结合蛋白或组蛋白修饰的抗体来鉴定基因组中的...