尽管ATAC-seq 实验方法相对简单且稳定,但是专门为 ATAC-seq 测序数据开发的生物信息学分析软件却非常少。由于 ATAC-seq 和 ChIP-seq 数据的相似性较高,ChIP-seq 分析使用的软件一般也可用于 ATAC-seq 的分析,但是使用 ChIP-seq 软件分析得到的 ATAC-seq 结果尚未得到系统性的评估。 step1:质控 step2:比对 step3...
c(1:21, "X", "Y", "M")) myindex <- (match(seqnames(tssLocations), mainChromosomes)) ...
在本研究中,开发了酮醛酸辅助单链 DNA 转座酶可及染色质测序分析 (KAS-ATAC-seq),以CRE 的转录活性。 KAS-ATAC-seq 的主要优势在于其精确测量近端和远端 ATAC-seq 峰内的 ssDNA 水平,从而能够识别转录调控序列。此功能特别擅长定义单链转录增强子 (SSTE)。 SSTE 富含新生 RNA 和定义细胞身份的特定转录因子 (...
+HiC: 对于一些想了解染色质高级结构对生命行为的作用的时候,通常会需要用到ATAC-seq等技术,因为Hi-C分析得到高级结构compartmentA/B、TADs、Loops等信息,通常只是相关性,但通过ATAC-seq,你可以获得promoter、enhancer等信息,更能知道高级结构是如何影响启动子、增强子从而影响基因表达的。 +组蛋白修饰: ATAC-seq可以...
首先,作者用DESeq2在皮质和髓质样本之间进行了差异基因表达分析。在25185个至少可检测的基因中,作者发现2372个(9.4%)在皮质和髓质之间存在差异表达(校正后的p值 < 0.01,log2(fold changes) > 1)。有1266个差异表达基因(DEGs)在皮质中表达较高,1106个DEGs在髓质中表达较高(图2d)。接下来,作者根据基因的绝对计...
增强子一般位于启动子下游或上游1Mb的DNA区域,转录因子与增强子结合,并与启动子区域接触时,能够促进基因的转录。相反,沉默子会减少或抑制基因的表达。 所以说,ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子,也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、...
2,ATAC-Seq分析级联转录调控下游顺式因启动子增强子DNA序列。 3,高通量结果嵌合GO信息体系分析 细胞分化中的转录调控层次。 注: 本推文所讲Fig的分析以转录调控研究的思路理解为主。 有关复杂的实验体系及分析体系后续推文细致讲解。 知识体系: A:CRISPRi 多重干扰敲低基因构建细胞系的流程。
而且, ATAC-seq的结果相对于FAIRE-seq而言,变化更加剧烈,更加精细。通过信息分析,上调表达的基因与染色质区域的开放紧密相关,下调的基因与染色质开放度下降的区域相关。这就表明染色质区域的开放与关闭与整个基因功能的表达关系密切。作者以p53内的一个未知增强子为例证明了这个现象(Fig4)。总的来说,通过ATAC-seq、...
ATAC-seq的实验流程:裂解细胞获得细胞核→使用Tn5转座酶酶切并纯化,最后回收DNA片段→PCR扩增→测序。 ATAC-seq的分析流程: 1、数据预处理 (1)比对前质量控制:FastQC可用于在测序数据中可视化碱基质量得分、GC含量、序列长度分布等。 (2)原始序列比对:将过滤的read比对到参考基因组。
该技术通过转座酶对特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。因此,ATAC-seq得到的是全基因组尺度上处于开放状态的染色质区域,并且通过分析染色质开放区域的motif可以获得潜在的活跃转录因子及其靶基因。 染色质的组成...