所以说,ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子,也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 那基因的body不是染色质开放区吗?是的~但是基因body区的染色质开放并不是稳定的,当进行转录时,body...
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(4)识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子:常见的染色质开放区主要是基因上游的启动子和远端的调控元件比如增强子和沉默子,而ATAC-seq可以识别染色质的开放区,因此,ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子。 (5)表观遗传学研究:ATAC-seq提供了关于染色质结构如何在不同环境因素、遗传背景或表观遗传...
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 ATAC-seq目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 七、ATAC-seq的应用 鉴定重要转录因子:ATAC所捕获...
增强子一般位于启动子下游或上游1Mb的DNA区域,转录因子与增强子结合,并与启动子区域接触时,能够促进基因的转录。相反,沉默子会减少或抑制基因的表达。 所以说,ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子,也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 那基因的...
常见的染色质开放区主要是基因上游的启动子和远端的调控元件比如增强子和沉默子,而ATAC-seq可以识别染色质的开放区,因此,ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子。 6.4 多组学联用 ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息,RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息,将两个组学数据联合分析,...
在基因组学和表观遗传学研究中,解析染色质的结构和状态对于理解基因调控具有重要意义。染色质的开放性反映了基因组中潜在的活跃区域,包括基因启动子、增强子和转录因子结合位点等,它们调控着基因的表达和细胞的命运。今天我们就用几个知识点来为大家介绍一款开放染色质研究明星产品ATAC-seq。
所以说,ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子,也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 那基因的body不是染色质开放区吗?是的~但是基因body区的染色质开放并不是稳定的,当进行转录时,body区域每往前走一步,开放后进行转录,转录后迅速回复原有状态...
常见的染色质开放区主要是基因上游的启动子和远端的调控元件比如增强子和沉默子,而ATAC-seq可以识别染色质的开放区,因此,ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子。 6.4 多组学联用 ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息,RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息,将两个组学数据联合分析,...
首先利用两个已被验证的增强子Optix 和oculis (so) 来对比ChIP-seq、DNAse-seq、ATAC-seq与FAIRE-seq四种方法的优良差异。结果显示在眼触角组织中,ATAC-seq、 FAIRE-seq都能很好的鉴定出两种已知的增强子,而在胚胎组织中,DNAse-seq并未检测出 (Fig. 1)。ATAC-seq与FAIRE-seq两种方法的 peak called 高度重叠,...