可以进一步进行一系列详细地分析，如确定全基因组reads的分布，确定峰长的分布，对具有识别峰的基因进行功能分析，基因功能元件上的峰的分布，以及样本间差异峰的分析等(Pranzatelli et al., 2018；Mu et al., 2012)。4、ATAC-seq技术的优缺点 4.1 ATAC-seq与其它技术的比较 ATAC-seq方法最初是作为微球菌核...
ATAC-Seq是可以检测到全基因组的DNA结合蛋白,转录结合位点 ,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子; ChIP-Seq是已知转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验富集它结合的DNA片段。在测定转录因子的 ChIP-seq 中独有的峰可能是先驱转录因子,其先结合到封闭染...
由于开放染色质是大多数TF结合的先决条件,因此ATAC-seq峰通常与TF ChIP-seq峰重叠,但通常更宽。因此,TF ChIP-seq和ATAC-seq可以在同一实验系统中相互验证彼此的质量和可靠性。 ATAC-seq与 histone marker ChIP-seq集成,发现与活跃染色质标 H3K4me3,H3K4me1,H3K27ac等正相关,与不活跃的染色质标记 H3K27me3 负...
DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区域, ATAC-seq是用的Tn5转座酶,随后进行富集和扩增; FAIRE-Seq是先进行超声裂解,然后用酚-氯仿富集; MNase-Seq是用来鉴定核小体区域。 下图是不同测序方法获取的峰形: 2. ChIP-seq 与 ATAC-seq 的比较 峰形状的区别 Chip-seq与ATAC-seq 的 peaks 有着明显的...
DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息,在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹(Footprint)。但由于ATAC-seq技术的限制(当转录因子结合DNA时,会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割,所以会形成一个保护区域,reads无法富集到中间的部分),凹槽的辨识度不高,难以用来做足迹分析,也就是TF与染色质的结合研究...
图 ATAC-seq峰图结果示意图（Shashikant T, Ettensohn CA. 2019）。参考文献 Buenrostro JD, Wu B, Chang HY, Greenleaf WJ. ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide. Curr Protoc Mol Biol. 2015;109:21.29.1-21.29.9.Shashikant T, Ettensohn CA. Genome-wide analysis ...
DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息,在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹(Footprint)。但由于ATAC-seq技术的限制(当转录因子结合DNA时,会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割,所以会形成一个保护区域,reads无法富集到中间的部分),凹槽的辨识度不高,难以用来做足迹分析,也就是TF与染色质的结合研究...
ChIP-seq是用目的蛋白的抗体去拉蛋白,进而把目的蛋白结合的DNA片段也拉下来,然后把 DNA 片段映射到基因组,在基因组上的结合位置就会有DNA 片段堆叠,将这些DNA片段堆叠用柱状图画出来,就会得到所谓的Peak,所以这种情况一般只有一个峰; 而ATAC-seq是靠Tn5转座...
Chip-seq数据检测蛋白结合位点 典型的链交叉相关图会产生两个峰: 一个富集峰与主要的插入片段长度相关(高相关性),为peak峰。 另一个与测序read长度相关,被称为"phantom "peak。 一个高质量的转录因子富集数据,peak对应的峰最高,phantom peak对应的峰较矮, 如果两种峰都能够观测到,而phantom peak最高...
ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...