可以进一步进行一系列详细地分析，如确定全基因组reads的分布，确定峰长的分布，对具有识别峰的基因进行功能分析，基因功能元件上的峰的分布，以及样本间差异峰的分析等(Pranzatelli et al., 2018；Mu et al., 2012)。4、ATAC-seq技术的优缺点 4.1 ATAC-seq与其它技术的比较 ATAC-seq方法最初是作为微球菌核...
ATAC-Seq是可以检测到全基因组的DNA结合蛋白,转录结合位点 ,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子; ChIP-Seq是已知转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验富集它结合的DNA片段。在测定转录因子的 ChIP-seq 中独有的峰可能是先驱转录因子,其先结合到封闭染...
有许多方法可用于从 ATACseq 数据中调用无核小体区域,其中许多方法借鉴自 ChIPseq 分析。一种非常流行且标准的 ATACseq 峰值调用程序是 MAC2。 2.1. 单端数据 使用ATACseq 的单端测序,我们不知道片段有多长。因此,与 ChIPseq 相比,要识别开放区域,MACS2 峰值调用需要一些不同的参数。采用的一种策略是将读取 5'...
ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...
ATAC-seq是用的Tn5转座酶,随后进行富集和扩增; FAIRE-Seq是先进行超声裂解,然后用酚-氯仿富集; MNase-Seq是用来鉴定核小体区域。 下图是不同测序方法获取的峰形: 检测染色质可及性的方法中,ATAC-seq尤其受欢迎。经过整理的ATAC-seq数据集和出版物呈指数增长。
图 ATAC-seq峰图结果示意图（Shashikant T, Ettensohn CA. 2019）。参考文献 Buenrostro JD, Wu B, Chang HY, Greenleaf WJ. ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide. Curr Protoc Mol Biol. 2015;109:21.29.1-21.29.9.Shashikant T, Ettensohn CA. Genome-wide analysis ...
DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区域, ATAC-seq是用的Tn5转座酶,随后进行富集和扩增; FAIRE-Seq是先进行超声裂解,然后用酚-氯仿富集; MNase-Seq是用来鉴定核小体区域。 下图是不同测序方法获取的峰形: 2. ChIP-seq 与 ATAC-seq 的比较 峰形状的区别 Chip-seq与ATAC-seq 的 peaks 有着明显的...
通过扫描DAR中ATAC-seq峰前后200bp侧翼序列,分析TF motif分布和TF结合位点(TFBS),最后分别在高开放性区域和低开放性区域识别出268个和266个潜在的TF(P< 0.01) (表5)。激活蛋白-1 (AP-1) 家族成员,包括Jun(c-Jun、JunB、JunD)、Fos(c-Fos、FosB、FosB2、Fra-1和Fra-2)、ATF(ATFa、ATF2、ATF3、BATF...
ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...
简单来说，ATAC-seq能告诉我们在特定细胞中哪些DNA区域是“开放”的，哪些是“关闭”的。更进一步，单细胞ATAC-seq则是在单个细胞水平上检测染色质可及性，这意味着我们可以看到每一个细胞内基因的开关状态，从而揭示不同细胞类型在不同条件下的独特基因表达模式。二、单细胞ATAC测序的技术原理 那么，这项技术是如何...