这都反映在ATAC-Seq文库DNA片段的大小上,文库扩增完成后,增加了P5/P5 Illumina index,文库核酸片段包含原始DNA插入片段和来自adapter两端的135bp测序所需序列。 这就形成了从200bp – 1000bp左右的文库片段,由于相邻核小体的周期性,片段堆积在160-200bp之间的峰值。 由于样品类型、细胞数量和样品处理的差异性,文库...
ATAC-Seq分析结果会在这些区域检测到peaks,说明了所研究样本中的开放的染色质区域,揭示了具有转录活性的基因。 图2:ATAC-Seq试剂盒用于检测集中小鼠组织样本的全基因组开放染色质状态。此处的峰值表示Rbfox3基因的开放染色质信号,该基因在脑组织中表达最高。 ◆ Active Motif ATAC-Seq试剂盒和IIIumina Nextera Kit...
ATAC-Seq试剂盒提供了与Illumina®平台兼容的ATAC-Seq文库制备试剂,与IIIumina Nextera Kit数据具有很高相关性。 图3:使用Active Motif的ATAC-Seq试剂盒与Nextera中的Tn5酶生成的ATAC-Seq数据相比较,peaks峰值信号之间具有高度的相关性(Pearson相关系数为0.97)。这表明Active Motif的ATAC-seq转座酶与Nextera酶在全基...
ATAC-seq是经典的研究染色质开放性手段，将其结果与转录组或其他表观组学关联，即可获得染色质开放性对...
根据这张图我们比较一下这几个技术,ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,ATAC-seq也可以剪掉核小体的区域,即作用位点在核小体的两端。中间的大峰是染色质开放区域,两边的小峰为核小体的区域,主要是距离染色质开放区域比较近的地方,随...
miNSC10 iNSC和SCR029 NSC的ATAC-seq结果表明,peak关联基因富集在神经发生、神经元发育、大脑发育、胶质细胞发育(图8a, b),与NSC特征一致。在peak峰值中心300 bp窗口中鉴定新motif,说明miNSC10和SCR029细胞都富集了类似的属于多个TF家族的TF结合motif,TF家族包括Sox、bHLH (Ebox)、Pou3f、homeobox、Nfi和Rfx(图8...
在使用Signac进行峰值检测之前,您需要先安装MACS2。您可以通过pip或conda安装它,或者从源代码自行编译。 本次演示以人类外周血单核细胞的单细胞ATAC-seq数据为例。首先,请加载必要的软件包和预先处理过的Seurat数据对象。 library(Signac)library(Seurat)pbmc<-readRDS("../vignette_data/pbmc.rds")DimPlot(pbmc) ...
与ChIP-seq不同,ATAC-seq的Tn5转座酶酶切的是染色质开放区域,在TF结合区域的DNA是拉不下来的(反映在峰图上是一个谷,ChIP-seq是一个峰),因此在调整峰值偏移(peak shift)的时候,一般用shift-extend的方法进行分析,ATAC-seq需要向外shift。如下图: 比如我们测序reads长度是150bp,两条reads的5‘端代表Tn5的酶...
利用从眼睛间不同AMD阶段患者获得的RNA-Seq数据,观察到ATAC-Seq峰值强度与视网膜和RPE中的基因表达高度相关(图4e)。在不对称AMD阶段的患者中,DAR相关基因在晚期较早期AMD更可能被下调(P=1.1×10-5,图4f)。结果表明,改变视网膜结合部位的染色质可及性和富含色素的TFs导致AMD相关基因的表达减少。