DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息，在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹（Footprint）。但由于ATAC-seq技术的限制（当转录因子结合DNA时，会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割，所以会形成一个保护区域，reads无法富集到中间的部分），凹槽的辨识度不高，难以用来做足迹分析，也就是TF与染色质的...
DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息,在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹(Footprint)。但由于ATAC-seq技术的限制(当转录因子结合DNA时,会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割,所以会形成一个保护区域,reads无法富集到中间的部分),凹槽的辨识度不高,难以用来做足迹分析,也就是TF与染色质的结合研究...
"--name", "pairedEndPeakName", "-g", "hs")), stdout = TRUE) 对于此处的配对末端数据,我们从无核小体区域 BAM 文件中调用无核小体区域的峰。 代码语言:shell 复制 MACS2 callpeak-t~/Downloads/Sorted_ATAC_50K_2_openRegions.bam--outdirATAC_Data/ATAC_Peaks/ATAC_50K_2--nameSorted_ATAC_50K...
在测定转录因子的 ChIP-seq 中独有的峰可能是先驱转录因子,其先结合到封闭染色质,然后招募染色质重塑因子或其他转录因子来起始转录。这些转录因子 ATAC-seq是检测不到的。 整合分析 由于开放染色质是大多数TF结合的先决条件,因此ATAC-seq峰通常与TF ChIP-seq峰重叠,但通常更宽。因此,TF ChIP-seq和ATAC-seq可以在...
peaks:峰。常用来表示染色质的开放程度,因为是测序的 reads 落在了染色质的开放区,堆叠后被可视化的一种丰度的体现。 THSs:转座酶超敏感位点。 CREs:顺式调控元件。即 DNA 分子中具有转录调节功能的特异 DNA 序列。按功能特性,真核基因顺式作用元件分为启动子、增强子及沉默子。 ACRs:染色质开放区域。即正常或...
图 ATAC-seq峰图结果示意图（Shashikant T, Ettensohn CA. 2019）。参考文献 Buenrostro JD, Wu B, Chang HY, Greenleaf WJ. ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide. Curr Protoc Mol Biol. 2015;109:21.29.1-21.29.9.Shashikant T, Ettensohn CA. Genome-wide analysis ...
主成分分析进一步证明了各个基因型在调控组学上的差异,特别指出了NKD1、NKD2和O2的相互作用对胚乳的影响(图7A)。NKD1和NKD2与染色质的相互作用方式也受到O2的影响,这一点通过比较不同基因型的染色质可及性峰得到证实(图7B)。 作者进一步探讨了哪些染色质区域可能直接受NKD1或NKD2的调控,并找到了与ATAC-seq差异...
图1:ATAC-seq文库峰形图(新鲜GM12878细胞,100,000 cells) 关于转座反应 如果加入的Tn5酶不足以从细胞中获得染色质,或者是Tn5与DNA的比例太低,可能会使转座反应不充分,Tn5无法高效的切割DNA获得理想范围的DNA片段。这种情况一般被称为——Under-tagmentation,主要的片段集中在800bp左右(如图2所示)。 大片段的缺点...
单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-seq 插入片段应该在约 <100、200、400、600bp大小有峰。 什么是DNA Motif? DNA功能域(Motif)是一段特定模式的DNA序列,它之所以可以具有生物...
(B)ATAC-seq 差异分析得出的对数2倍变化(HFD-ND)(左)和对数2倍变化(Cyc-HFD)(右)与每百万读数(log2CPM)。红色/蓝色代表不同的开放/关闭峰。 (C) Cyc 与 HFD 和 HFD 与 ND 之间 ATAC-seq 重塑的相关性。数据点上的蓝-红梯度代表其相对局部密度。