在测定转录因子的 ChIP-seq 中独有的峰可能是先驱转录因子,其先结合到封闭染色质,然后招募染色质重塑因子或其他转录因子来起始转录。这些转录因子 ATAC-seq是检测不到的。 整合分析 由于开放染色质是大多数TF结合的先决条件,因此ATAC-seq峰通常与TF ChIP-seq峰重叠,但通常更宽。因此,TF ChIP-seq和ATAC-seq可以在...
DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息，在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹（Footprint）。但由于ATAC-seq技术的限制（当转录因子结合DNA时，会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割，所以会形成一个保护区域，reads无法富集到中间的部分），凹槽的辨识度不高，难以用来做足迹分析，也就是TF与染色质的...
有文献认为信噪比是ATAC-seq重要的质量控制指标,并通过TSS Score来评估ATAC-seq的信噪比。如图5所示,两个具有相似 TSS Score(分别为 8.3 和 8.8)的文库具有不同的分布,所以不能认为没有明显核小体峰图的文库是失败的,二者要综合来看;TSS Score为1.7的文库则只有很低的信号富集,显然是失败的实验。 图5. ATAC-s...
DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息,在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹(Footprint)。但由于ATAC-seq技术的限制(当转录因子结合DNA时,会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割,所以会形成一个保护区域,reads无法富集到中间的部分),凹槽的辨识度不高,难以用来做足迹分析,也就是TF与染色质的结合研究...
图 ATAC-seq峰图结果示意图（Shashikant T, Ettensohn CA. 2019）。参考文献 Buenrostro JD, Wu B, Chang HY, Greenleaf WJ. ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide. Curr Protoc Mol Biol. 2015;109:21.29.1-21.29.9.Shashikant T, Ettensohn CA. Genome-wide analysis ...
对于此处的配对末端数据,我们从无核小体区域 BAM 文件中调用无核小体区域的峰。 代码语言:shell 复制 MACS2 callpeak-t~/Downloads/Sorted_ATAC_50K_2_openRegions.bam--outdirATAC_Data/ATAC_Peaks/ATAC_50K_2--nameSorted_ATAC_50K_2_Small_Paired_peaks.narrowPeak-fBAMPE-ghs ...
通过数据统计发现Mybl2过表达后的Peak数较对照组有明显减少(图E),表明染色质变得更加封闭和紧凑。最后,通过对序列峰中的Motif反向检索对应的转录因子时,发现实验组和对照组的序列峰的Top 3 Motif对应的转录因子是不同的(图F,G),提示了Mybl2的过表达能改变体细胞重编程的过程。
图1:ATAC-seq文库峰形图(新鲜GM12878细胞,100,000 cells) 关于转座反应 如果加入的Tn5酶不足以从细胞中获得染色质,或者是Tn5与DNA的比例太低,可能会使转座反应不充分,Tn5无法高效的切割DNA获得理想范围的DNA片段。这种情况一般被称为——Under-tagmentation,主要的片段集中在800bp左右(如图2所示)。 大片段的缺点...
同样,我们可以使用 plotRegion() 函数在 TSS 位置绘制单核小体信号。在此图中,我们可以清楚地看到预期的 +1 核小体信号峰以及其他几个核小体信号峰。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 plotRegion(monoNuc) monoNuc
由于上述所列在线工具都是N年前的,所以我们使用ChIPSeeker R包搭建了一个简易的在线peak注释工具,可以对人、大鼠、小鼠的ChIP-seq,ATAC-seq,cut&tag等富集峰进行一键注释。 1,打开绘图页面 首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描...