2、表观组学基础数据分析与样本间差异分析（生物信息学分析）；3、生物信息学分析内容包括：基因组分布、峰图分析及注释、MOTIF分析、峰关联基因GO注释分析、峰关联基因KEGG注释分析等。文献示例 文献示例 图 ATAC-seq峰图结果示意图（Shashikant T, Ettensohn CA. 2019）。参考文献 Buenrostro JD, Wu B, Chang H...
DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息，在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹（Footprint）。但由于ATAC-seq技术的限制（当转录因子结合DNA时，会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割，所以会形成一个保护区域，reads无法富集到中间的部分），凹槽的辨识度不高，难以用来做足迹分析，也就是TF与染色质的...
1. 识别非冗余峰 首先,我们将定义至少 2 个样本中存在的一组非冗余峰,并使用这些峰使用 DESeq2 评估无核小体 ATACseq 信号的变化。在这里,我们使用与 ChIPseq 相同的方法来推导差异的一致峰。 我们在所有样本中取峰并将它们减少为一组非冗余峰。然后我们可以在每个样本上创建这些峰存在/不存在的矩阵。 代码...
由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-seq 插入片段应该在约 <100、200、400、60...
图1:ATAC-seq文库峰形图(新鲜GM12878细胞,100,000 cells) 关于转座反应 如果加入的Tn5酶不足以从细胞中获得染色质,或者是Tn5与DNA的比例太低,可能会使转座反应不充分,Tn5无法高效的切割DNA获得理想范围的DNA片段。这种情况一般被称为——Under-tagmentation,主要的片段集中在800bp左右(如图2所示)。 大片段的缺点...
由于开放染色质是大多数TF结合的先决条件,因此ATAC-seq峰通常与TF ChIP-seq峰重叠,但通常更宽。因此,TF ChIP-seq和ATAC-seq可以在同一实验系统中相互验证彼此的质量和可靠性。 ATAC-seq与 histone marker ChIP-seq集成,发现与活跃染色质标 H3K4me3,H3K4me1,H3K27ac等正相关,与不活跃的染色质标记 H3K27me3 负...
以下图CTCF为例,ChIP-seq的峰就是CTCF的结合区域,中部位置为CTCF的motif,而 ATAC-seq的reads富集在motif两端,横向代表基因组坐标, 纵向代表ATAC-seq的信号强度。 “Visualisation可视化部分” 首先我们在文章中经常可以看到以转录起始位点 (TSS) 为中心的峰图...
对于此处的配对末端数据,我们从无核小体区域 BAM 文件中调用无核小体区域的峰。 代码语言:shell 复制 MACS2 callpeak-t~/Downloads/Sorted_ATAC_50K_2_openRegions.bam--outdirATAC_Data/ATAC_Peaks/ATAC_50K_2--nameSorted_ATAC_50K_2_Small_Paired_peaks.narrowPeak-fBAMPE-ghs ...
DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息,在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹(Footprint)。但由于ATAC-seq技术的限制(当转录因子结合DNA时,会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割,所以会形成一个保护区域,reads无法富集到中间的部分),凹槽的辨识度不高,难以用来做足迹分析,也就是TF与染色质的结合研究...
由于开放染色质是大多数TF结合的先决条件,因此ATAC-seq峰通常与TF ChIP-seq峰重叠,但通常更宽。因此,TF ChIP-seq和ATAC-seq可以在同一实验系统中相互验证彼此的质量和可靠性。 ATAC-seq与 histone marker ChIP-seq集成,发现与活跃染色质标 H3K4me3,H3K4me1,H3K27ac等正相关,与不活跃的染色质标记 H3K27me3 ...