不好意思,这不存在的,因为ATAC-Seq只是找到了全基因组范围的开放区域,而这些开放区域的产生未必是转录因子引起,所以需要一些预测性工作。 数据分析实战 基本信息 以目前预发表在bioRxiv的文章“Chromatin accessibility changes between Arabidopsis stem cells and mesophyll cells illuminate cell type-specific transcription...
分别以Holstein Friesian牛、N'Dama牛和Nelore牛的7种主要血液免疫细胞类型(B细胞、CD4αβT细胞、CD8αβT细胞、γδT细胞、NK细胞、单核细胞和粒细胞)为靶点,使用RRBS和ATAC-seq分析全基因组DNA甲基化和染色质可及性(图1A)。由于N’Dama牛品种在样本采集和细胞分离中的挑战,该品种的4个ATAC-seq和3个RRBS样本...
由于 ATAC-seq 和 ChIP-seq 数据的相似性较高,ChIP-seq 分析使用的软件一般也可用于 ATAC-seq 的分析,但是使用 ChIP-seq 软件分析得到的 ATAC-seq 结果尚未得到系统性的评估。 step1:质控 step2:比对 step3:峰的召回 step4:峰的注释 step5:差异分析 step6:基序分析、通路分析、核小体占据率分析、和其他组学...
ATAC-seq enables epigenomic analysis on clinical timescales 也就是说ATAC-Seq能帮助你从全基因组范围内推测可能的转录因子,还能通过比较不同时间的染色质开放区域解答发育问题。 数据分析概要 在前面的铺垫工作中,一共提到了三种酶,能切割出单个核小体的MNase, 能识别超敏位点的DNase 和ATAC-Seq所需要的Tn5 tran...
由于 ATAC-seq 和 ChIP-seq 数据的相似性较高,ChIP-seq 分析使用的软件一般也可用于 ATAC-seq 的分析,但是使用 ChIP-seq 软件分析得到的 ATAC-seq 结果尚未得到系统性的评估。 step1:质控 step2:比对 step3:峰的召回 step4:峰的注释 step5:差异分析 step6:基序分析、通路分析、核小体占据率分析、和其他...
理想的ATAC-seq的fragment分布图 之后我们进行第二个质控,就是看TSS附近的富集程度: bamCoverage --bam a.bam -o a.bw --normalizeUsing RPKM ###把bam转化为bigwig文件 computeMatrix reference-point --referencePoint TSS -p 15 -b 3000 -a 3000 -R gene.bed -S a.bw --skipZeros -o matrix_test...
ATAC-seq+RNA-seq: 一般来说,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,但是差异基因富集出来的基因通路只是一种相关性。想要分析出其中是谁调控了目的基因,就可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找潜在的调控因子,然后再进行后续的实验验证或者chip-seq的验证。 +HiC: 对于一些想了解染色质高级结构对生命行为的作用的时候,通常...
(可以使用bedtools的bamToBed工具)bamToBed-i sample.final.bam>sample.temp.bed#produce insert BED 具体生成bed文件sample.InsertSizes.bed的方式可参考秀丽隐杆菌ATAC-seq分析[1]文献的具体补充细节# Convert back to a bam, 1bpsamtools view-Hsample.final.bam|grep'^@SQ'|awk'{split($2, SN, ":")...
具体见:https://mp.weixin.qq.com/s/a4qAcKE1DoukpLVV_ybobA在ChiP-seq 讲解。 首先把bam文件转为bw文件,详情:http://www.bio-info-trainee.com/1815.html cd ~/project/atac/deeptools_result #source activate atac # 由于原本电脑存在deeptools所以就没必要激活了 ...
图2:ATAC-Seq试剂盒文库与已发表的ATAC-Seq数据集的相关性。该图显示了在GM12878细胞中,已发表的ATAC-Seq(Buenrostro, J. D. et al. (2013) Nat. Methods 10: 1213-1218)数据的峰中的RPKM信号与使用试剂盒生成的数据集之间的相关性为0.94。 北京华新康信也有Activemotif实验试剂销售,下面给大家讲讲Activemoti...