–normalizeUsing:选择:RPKM,CPM,BPM,RPGC,None RPKM :每千碱基每百万映射 reads 数,RPKM (per bin) = number of reads per bin / (number of mapped reads (in millions) * bin length (kb)) CPM :每百万映射 reads 数;, CPM (per bin) = number of reads per bin / number of mapped reads (...
–normalizeUsing:选择:RPKM,CPM,BPM,RPGC,None RPKM :每千碱基每百万映射 reads 数,RPKM (per bin) = number of reads per bin / (number of mapped reads (in millions) * bin length (kb)) CPM :每百万映射 reads 数;, CPM (per bin) = number of reads per bin / number of mapped reads (...
5. 峰文件bw的生成与组间标准化 网上许多教程没有讲的一件事情,如果你想要做不同组间样品的ATAC信号的比较,那么做normalize是必要的,注意,除了并不是bam to bw时单个样本自身将ATAC信号进行RPKM标准化外,还应进行组间标准化,即用haystack中的haystack_hotspots来做这件事情,输入的是bw文件;你可以选择输出峰的bin...
图5:CGI的无监督聚类分析鉴定出不同的染色质景观。 A、Holstein Friesian牛数据中 CGI甲基化水平和ATAC-seq信号聚类分析(RPKM)。聚类采用期望最大化(EM)算法拟合的有限高斯混合模型(GMM)进行。每个CGI仅配对一个TSS附近基因。显示每个CGI附近基因的RNA-seq表达以及每个CGI与TSS附近距离。簇通过增加中位甲基化水平进行...
bigwig定量文件: 使用deepTools进行标准化和可视化, 一般以RPKM做标准化,默认bin为1 # 项目文件下 # 标记重复 mkdir-p analysis/dupbam filenames=$(ls analysis/BAM/*sorted.bam) forfnin${filenames} do fnn=$(basename $fn) output=${fnn%%.bam} ...
bigwig定量文件: 使用deepTools进行标准化和可视化, 一般以RPKM做标准化,默认bin为1 # 项目文件下# 标记重复mkdir-p analysis/dupbam filenames=$(lsanalysis/BAM/*sorted.bam)forfnin${filenames}dofnn=$(basename$fn) output=${fnn%%.bam}gatk-launch MarkDuplicates -I${fn}\ ...
bamCoverage --bam a.bam -o a.bw --normalizeUsing RPKM ###把bam转化为bigwig文件 computeMatrix reference-point --referencePoint TSS -p 15 -b 3000 -a 3000 -R gene.bed -S a.bw --skipZeros -o matrix_test_TSS.gz --outFileSortedRegions regions_test_genes.bed ###计算矩阵 plot...
图2:ATAC-Seq试剂盒文库与已发表的ATAC-Seq数据集的相关性。该图显示了在GM12878细胞中,已发表的ATAC-Seq(Buenrostro, J. D. et al. (2013) Nat. Methods 10: 1213-1218)数据的峰中的RPKM信号与使用试剂盒生成的数据集之间的相关性为0.94。 北京华新康信也有Activemotif实验试剂销售,下面给大家讲讲Activemoti...
bamCoverage --binSize 100 --normalizeUsing RPKM -p 40 -b <干净的aliged.bam> -o <coverage.bw> 2.5 寻找特性型富集区域(call peak):macs2 macs2是一种寻找reads特异性富集区域的方法,即寻找蛋白质富集区域(Chip-Seq),染色质开放区域(ATAC-Seq),在鉴定peak富集模式时,有broad domains和narrow peaks两种...
nohup bamCoverage -b ${id} -p 5 --normalizeUsing RPKM -o ${id%%.*}.last.bw & done ###将去重的bam转换成bigwig文件 ls *rmdup.bam |while read id;do nohup bamCoverage --normalizeUsing CPM -b $id -o ${id%%.*}.rm.bw & ...