require(clusterProfiler)peak<-readPeakFile(bedPeaksFile)##去除含_的染色体keepChr=!grepl('_',seqlevels(peak))seqlevels(peak,pruning.mode="coarse")<-seqlevels(peak)[keepChr]peakAnno<-annotatePeak(peak,tssRegion=c(-3000,3000),TxDb=txdb,annoDb="org.Mm.eg.db")peakAnno_df<-as.data.frame(pe...
单组学之 ATAC-seq 定位开放区域、预测潜在调控位点/转录因子 得到ATAC-seq测序数据之后,通过差异分析鉴定差异开放区域/特异性开放区域并注释到相关基因后,即可用于功能注释。 fig1 Peak相关基因注释信息 利用Motif分析解析开放区域具有的保守性的DNA结合位点,并可预测潜在调控peak相关基因的转录因子。 fig2 Motif与已知...
ATAC-seq与ChIP-seq calling出来的peak代表的意义是不同的: ChIP-seq是用目的蛋白的抗体去拉蛋白,进而把目的蛋白结合的DNA片段也拉下来,然后把 DNA 片段映射到基因组,在基因组上的结合位置就会有DNA 片段堆叠,将这些DNA片段堆叠用柱状图画出来,就会得到所谓的Peak,所以这种情况一般只有一个峰; 而ATAC-seq是靠Tn5...
比如ATAC-seq得到peak后,从motif筛到了转录因子,那么结合ChIP-seq查看转录因子的作用位点,就可以知道是作用在promoter区域呢还是enhancer区域。 除此之外,由于单细胞RNA-seq的普及,目前还出现了一些新兴的scATAC-seq+scRNA-seq,用来检测每个细胞的染色体开放情况。...
研究人员使用ATAC-seq和RNA-seq联合分析来揭示在木瓜成熟过程中用1-MCP处理不同时间的染色质可及性的差异，旨在确定1-MCP处理下延迟和导致木瓜异常成熟的关键差异可及性区域（Differentially accessible regions，DARs）、上游motif和转录因子（TFs）。这有助于确定在与木瓜成熟相关的乙烯和生长素信号通路的相互作用中起...
peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰...
ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分:数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析,下面将对各部分内容进行展开讲解。 一、测序数据过滤与质量评估 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads,得到clean reads用于后续分析。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比较新的软...
l 不同于 ChIP-seq 直接获取蛋白结合位点的方法，ATAC-seq 主要是基于开放区域的模体（motif）基因序列...
ATAC-seq之后需要做Chip-seq来做进一步的验证。比如ATAC-seq得到染色质开放区域的差异peak后,通过motif分析筛到了转录因子,随后利用Chip-seq可以精确地定位这些转录因子作用位点。这一步用于揭示哪些转录因子通过与开放染色质区域的可及性的变化,进而对下游目标基因产生影响。最后可以通过RNA-seq确认可以验证这些转录因子靶...
Peak 与 TSS 距离的分布 Peak 在功能元件上的分布 motif 示意图 CUT&Tag CUT&Tag(Cleavage Under Targetsand Tagmentation)是蛋白质-DNA互作关系研究的新方法,与传统的ChIP-Seq研究方法相比,该技术无需交联、超声打断、末端抹平和接头连接等操作,因此具有省时高效、所需样品量少、背景信号低和可重复性好等优点。CU...