--outdir ATAC_Data/ATAC_Peaks/ATAC_50K_2 --name Sorted_ATAC_50K_2_Small_Paired_peaks.narrowPeak -f BAMPE -g hs R with_CondaEnv("ATACseq_analysis", system2(command = "macs2", args = c("callpeak", "-t", "~/Downloads/Sorted_ATAC_50K_2_openRegions.bam", "--outdir", "ATAC...
您可以通过pip或conda安装它,或者从源代码自行编译。 本次演示以人类外周血单核细胞的单细胞ATAC-seq数据为例。首先,请加载必要的软件包和预先处理过的Seurat数据对象。 library(Signac)library(Seurat)pbmc<-readRDS("../vignette_data/pbmc.rds")DimPlot(pbmc) 使用CallPeaks()函数可以进行峰值检测,这可以针对不同...
您可以通过pip或conda安装它,或者从源代码自行编译。 本次演示以人类外周血单核细胞的单细胞ATAC-seq数据为例。首先,请加载必要的软件包和预先处理过的Seurat数据对象。 library(Signac)library(Seurat)pbmc<-readRDS("../vignette_data/pbmc.rds")DimPlot(pbmc) 使用CallPeaks()函数可以进行峰值检测,这可以针对不同...
macs2 callpeak -t 2-cell-1.bed -g mm --nomodel --shift -100 --extsize 200 -n 2-cell-1 --outdir ../peaks/ ls *.bed | while read id ; do (macs2 callpeak -t $id -g mm --nomodel --shift -100 --extsize 200 -n ${id%%.*} --outdir ../peaks/) ; done 得到的文...
结合ChIP-seq与ATAC-seq:YNL092W基因处于染色质的开放程度较高区域且周边有转录因子结合区域,其表达活性可能受该因素影响。 3.3 Call ChIP-seq peaks with MACS2 Peak calling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域。利用MACS2工具进行ChIP-seq peaks calling。
MACS2 callpeak-t~/Downloads/Sorted_ATAC_50K_2_openRegions.bam--outdirATAC_Data/ATAC_Peaks/ATAC_50K_2--nameSorted_ATAC_50K_2_Small_Paired_peaks.narrowPeak-fBAMPE-ghs R 代码语言:text 复制 with_CondaEnv("ATACseq_analysis", system2(command = "macs2", args = c("callpeak", ...
这是非常关键的一步,ATAC-seq 分析的核心结果都要从这里出,使用的是 macs2。 常用参数 macs2 [-h] [--version] {callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak} ... -f 指定输入文件的格式,如 SAM、BAM、BED 等 -c 对照组,可以...
ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序,并使用生物...
Calling Peaks 是 ATAC-seq 数据分析中最基本的过程之一。因为每个细胞的 scATAC-seq 数据只有开放和不开放两种状态,所以我们不能在单个细胞的基础上进行 peak 的鉴定。因此,在之前的章节中对细胞进行了降维聚类分群,还创建了拟生物学重复,使我们能够评估 peak 的可重复性。
使用DiffBind包提取ATAC-seq数据中的差异peaks主要包括以下几个步骤：1.准备输入数据：首先，需要准备ATAC-seq数据，这通常是peak调用软件（如MACS2）产生的peak文件。对于多个样本，你需要为每个样本准备一个peak文件。2.创建样本表：在DiffBind中，你需要创建一个样本表（通常是CSV或者Excel格式），包含样本...