ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,翻译为转座酶可及染色质的高通量测序分析,简单来说这个技术是运用转座酶获取开放染色质区,然后通过高通量测序技术和生物信息学挖掘相关的基因信息,解决生物学相关问题。 1.1 背景介绍 什么是开放染色质? 在前面介绍三维基因组的博客...
简称ATAC-seq，即运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的实验。关键词：测序，转座酶可接近染色质，转座...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。 1 开放...
ATAC-seq 全称为:the Assay for Transpose Accessible Chromatin using sequencing,翻译为转座酶可及染色质测序分析法。 研究目的有: 定位核小体 识别转录因子结合位点 识别对外部因子可及的DNA区域,包括启动子、增强子和其他类型的元件 测量DNA调控元件的差异性活性 ATAC-seq的研究数量在短短几年内就接近1万项ATAC...
ChIP-seq研究DNA结合蛋白(如转录因子、组蛋白修饰等)与DNA的相互作用。RIP-seq 的信号分布图主要关注RNA的不同区域(5' UTR、CDS、3' UTR、内含子),揭示RNA结合蛋白如何调控RNA的代谢过程。其中5' UTR信号富集可能表明RNA结合蛋白参与翻译起始调控;编码区 (CDS)信号富集可能表明RNA结合蛋白参与mRNA的剪接、转运、...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体/质的结构。 启动子(promoter):与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。
ATAC-seq分析的第一步包括比对前QC,read比对到参考基因组,和比对后QC和处理(图2A)[32]。 比对前质量控制 比对前质量控制和read比对步骤是大多数高通量测序技术的标准配置。例如,FastQC [39]可用于在测序数据中可视化碱基质量得分、GC含量、序列长度分布、序列重复水平、k-mer过高以及引物和衔接子的污染。总体高的...
ATAC-seq的全称是Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是一种基于DNA转座酶的结合高通量测序技术,对染色体(质)开放性进行研究的一种创新性技术。 染色质其实本质上是DNA与蛋白质结合,也就是核小体的多重紧密螺旋压缩而成。而DNA...
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 是分子生物学中用于评估全基因组染色质可及性的技术。 2.2 如何理解ATAC-seq 这里就不得不提及染色质可及性。我们已经知道,染色质是由组蛋白和 DNA 组成。DNA并不是裸露的,而是被包装成核小体形成串珠状结构并进一步被折叠、包装。而基因的...