ATAC-Seq试剂盒提供了与Illumina®平台兼容的ATAC-Seq文库制备试剂,与IIIumina Nextera Kit数据具有很高相关性。 图3:使用Active Motif的ATAC-Seq试剂盒与Nextera中的Tn5酶生成的ATAC-Seq数据相比较,peaks峰值信号之间具有高度的相关性(Pearson相关系数为0.97)。这表明Active Motif的ATAC-seq转座酶与Nextera酶在全基...
与具有同种功能的DNase-Seq、MNase-seq和FAIRE-Seq相比起来，ATAC-seq操作简单，重复性好，实验只需要很少的起始细胞/组织量（＜50000个细胞），信号噪比高。与ChIP-seq、CUT&tag以及DAP-seq相比，并不需要有明确的转录因子或组蛋白修饰位点等。ATAC-seq在研究植物生长发育、组织分化和环境响应方面有着广泛的应用前景...
5、ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简便,而且只需要很少的细胞/组织量,同时测序信号更加好。 6、单细胞测序技术是近几年研究的热点,通过对单细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等技术无法进行单细胞测序,而ATAC-seq经过实验验证是可以进...
2013 年的那篇Nature Methods提出的 ATAC-seq,是作为 MNase-seq、FAIRE-seq 和 DNase-seq 的替代实验。相比于它们,ATAC-seq 具有以下明显优势: (1)样本需求量大大减少 需求的细胞量从 500 到 50,000,相比于其他实验动辄 10^7 个细胞的样本需求量,ATAC-seq 对细胞量少的实验显得非常友好,也大大拓展了其应用...
因此,ATAC-seq得到的,是全基因度尺度上处于开放状态的染色质区域。本文提出ATAC-seq,是作为 MNase-seq ,FAIRE-seq 和DNAse-seq的替代实验。相比于它们,ATAC-seq具有的明显优势有: 1、样本需求量大大减少 需求的细胞量从500到 50,000,相比于其他实验动辄10^7个细胞的样本需求量,ATAC-seq对细胞量少这种情况非常...
ATAC-seq是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用来研究染色质可及性的方法。与具有同种功能的DNase-Seq、MNase-seq和FAIRE-Seq相比起来,ATAC-seq操作简单,重复性好,实验只需要很少的起始细胞/组织量(<50000个细胞),信号噪比高。与ChIP-seq、CUT&tag以及DAP-seq相比,并不需要有...
4、ATAC-seq利用双端测序技术绘制核小体的定位和占用图谱。双端测序可以对DNA片段的两端进行测序,使基因组重复区域的reads比对更加准确。 5、ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简便,而且只需要很少的细胞/组织量,同时测序信号更加好。
目前,单细胞ATAC-seq分析工具Scasat在细胞分类中的表现出积极的作用。Scasat是一个用简单的步骤处理scATAC-seq数据的完整管道。它将数据视为二进制,并应用特别适用于二进制数据的统计方法。该管道是在Jupyter笔记本环境中开发的,该环境包含可执行代码以及必要的描述和结果。 一.完整的Scasat工作流程 下图描述了完整的...
5、ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简便,而且只需要很少的细胞/组织量,同时测序信号更加好。 6、单细胞测序技术是近几年研究的热点,通过对单细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等技术无法进行单细胞测序,而ATAC-seq经过实验验证是可以进...
FAIRE-seq：借助有机溶剂甲醛对DNA进行固定，之后通过酚氯仿抽提获取裸露的DNA，实验周期长，细胞数量相对...