1 计算插入片段长度 非冗余非线粒体能够比对的fragment、比对率、NRF、PBC1、PBC2、peak数、无核小体区NFR、TSS富集、FRiP 、IDR重复的一致性 根据bam文件第9列,在R里面统计绘图 samtools view 2-ce11-2.last.bam | cut -f 9 >1.txt apt install r-base-core $ R > a=read.table('1.txt') > d...
由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-seq 插入片段应该在约 <100、200、400、60...
ATACseq 应该代表对应于无核小体、单核小体和多核小体部分的片段长度的混合。我们可以使用 table() 函数来检索每个片段长度出现的向量。 fragLenSizes <- table(insertSizes) fragLenSizes[1:5] 现在我们可以使用新获得的 20 号染色体插入长度来绘制所有片段长度的分布。 library(ggplot2) toPlot <- data.frame...
缠绕核小体 DNA 约 147bp 与相邻核小体连接的 DNA 约 20-90bp. 加上测序接头等约 135bp 长度会达到 200bp 左右,因此最后文库片段长度可能是 200-1000bp 左右,并且主要的部分在 600bp 一下,但 ATACseq 建库片段分布可能因为样本类型、细胞数量、处理过程等有关,也许文库片段分布有所差异。 文库质控 原始fas...
labels=seq(0,max(a),by=100) );dev.off() 其中一个结果如下面 可以很直观的看到,插入片段在150-300之间是counts数最大,随着长度增大,counts越不断缩减 6.FRiP值的计算 FRiP 是 The fraction of reads in called peak regions的缩写,指的是mapping到peak里的reads 除以总mapped reads ...
由于大多数Linker DNA的大小介于10-80bp之间，因此大多数得到的片段长度都小于100bp。每个核小体的DNA大小约为180bp，加上两边插入的冗余，我们会得到大约200bp长度的单核小体DNA。如果是两个核小体之间的片段，其长度约为400bp。依此类推，所得到的DNA片段大小分布如图所示。对于ATAC-seq测序结果的...
ATAC-seq的插入片段分布有着非常鲜明的特点,一般把<100 bp的片段区域称NFR(Nucleosome-Free Region)也就是无核小体区,这部分区域也是转座酶最容易切割的区域,每隔10.5 bp就有一个小齿,对应DNA螺旋一周的间距。200 bp有一个峰对应的是核小体单体的插入片段长度,再远点的400 bp和600 bp有两个小峰,对应核小体...
在ATAC-seq中,500~50,000个未固定的细胞核被Tn5转座酶标记上测序接头。由于核小体的空间位阻效应,Tn5转座酶携带测序接头主要插入整合到染色质的开放区域,经PCR扩增后,进行双端二代测序。ATAC-seq建库过程简单快捷,所需细胞数目少,而且可以...
ATACseq数据为双端测序，对齐时需要特殊处理，通常由一对文件组成，如_read1和_read2。配对读取间的距离反映了信号特征，因此在比对时，我们需要考虑插入大小和最大允许片段长度。这里，我们设置maxFragLength为2000以捕获多核小体信号，并确保唯一映射读取。在比对前，我们需要使用bowtie2_build函数构建...
通过对ATAC文库中插入片段的长度进行分析,观察到了一种很有意思的现象,示例如下 可以看到,200bp之后,插入片段的峰值有一个周期性的波动,取log之后,这个趋势更加明显。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,这里的周期性表示的是不同核小体的个数,说明ATAC可以定位核小体边界。